أو في خلايا الإنسان واللي بتحكم في الوراثة من خلال
تحكمه في تكوين البروتين وشرحنا الأسس اللي عليها
تغييرات الـ DNA والجينات بتأدي لتغير الصفات
الوراثية بس كمان يعني اللي هو بدأنا نظهره أو بدأنا
نتكلم عنهاللي هو إنه هناك آليات للتحكم في ماذا يتم
نسخه أو كمية نسخه أو من أي مكان، كيفية نسخه من الـ
DNA، Transcription للـ RNA، فيه هناك آليات كمان
يتم يعني تفعيلها بحيث إنها تتم وتكون تؤثر أيضًا
فالمحصلة النهائية المظهرية عند أي إنسان هي ما
نسميه الـ Phenotype اللي هي المظهر كيف راح يكون
وهو المسئول عنه أولاً الـ Genotype اللي هو ما هي
الجينات المحددة اللي تمتلكها الخلايا ولكن أيضاً
كيف بتتم التحكم
أحيانًا تنشيط أو أحيانًا تثبيت هذه الجينات فهذا
كان ملخص المحاضرات السابقة اليوم بدنا نتكلم عن
درجة تعقيد الجينات اللي موجودة عند البني أدمين
وهنا احنا بدنا نرجع لدرجة الاختلاف بين البشر
عموماً يعنيما نتكلم على شخص واحد أحنا بنتكلم على
ظواهر يعني حتى يتم الواحد تقييمها أو حتى يعرفها
الواحد بده هيك يدرس كيف عموم الناس فالـChapter 4
is about human genetic diversities mutations and
polymorphismsالتغيير الظواهر أو التغيير الأشكال
النقطة الأولى يعني بالنسبة لموضوع زي هذا بده
الواحد أولاً يعني يكون على قدرة على إنهيصل إلى، زي
ما بيقولوا، المصدر، يصل إلى الأساس، من وين، شوه
الأساس اللي بتعتمد عليه، حتى تفهم أي شيء مرات
كثيرة، بدك تكون فاهمان من وين الأساس أجا.
فبصراحة، كطب سريري، بالذات إذا الواحد، وجزء كبير،
يعني عدد كبير من الحالات،بتكون بنسميها وراثة
منديلية أو وراثة بتعتمد على اختلاق الـ Gene واحد
اللي هي الـ ففيه عندنا إذا الواحد بروح الـ PubMed
وهي بوقع مشهور وكبير ومجاني
الـ PubMed بتلاقي فيه أولاً الـ Online Mendelian
Inheritance يعني
الـ Depository أو اللي هو المرجعالـ PubMed اللي هو
بيشرحلك إذا شكيت فيه إنه مرض مانديلي وعندك يعني
رغبة إنك تفهم عنه أكثر وإين بالضبط المشكلة أنه
جين، شو صار، كيف أنواعه، كيف كده فالـ PubMed هو
المرجع المناسب الآنأفرض أنا عندي عائلة أو شخص عنده
طفرة أو عنده حالة أو مرض وشكيت إنه ورافي من
الأشياء المطلوبة إن أنا أخد الـDNA تبعهوإذا كنت
بعرف، راح نحكي عنها بتفاصيل أكتر بعدين إذا كنت
بعرف وين الخلل في أي جين ممكن أروح أدرس نفس الجين،
هو أنا بسهل عليا كثير بدل ما أدرس الـ 25 ألف جين
صعب وطويل كثير، والآن صحيح صارت أسهل القضية اللي
هو نفس مبدأ الـ Human Genome Projectفأنا إذا بقدر
بروح بشوف قطعة مثلًا معينة وبدرسها وراح ناخد أمثلة
على ذلك إنه أحيانًا أنا بستطيع أركز وين الخلل
المحتمل يكون إذا عندي مثلًا عائلة فيها الأب والأب
والأم وشوية أخوة بعضهم مصابين بعضهم غير مصابين
فبعدين بدرس بشكل أوسع شوية يعني ما بعمل PCR لـ
Individual أو لكل الـ Sequencing لكل الأشياء بعمل
لقطعة اللي بظن فيها مشكلة وهي بتكون إنه أنا إذا
عندي أكثر من شخص بعضهم مصابين بعضهم غير مصابين
فلما أنا أقارن بين المجموعتين ممكن أحدد إنه نتيجة
ذلك إنه في جيل معين هو اللي فيه مشكلةفأفرض أنا
حصلت على هذا الـGene ناشي، وأنا بقدر يمكن هذا غير
معروف عند أي حد في العالم وأنا بكون بقارن بين اللي
مصابين وغير مصابين في المجموعة التبعتي بس نفترض إن
أنا بحاجة أو بدي أو أرغب إنيأعمل مقارنة لما أعتبره
هو الإنسان السليم أو الإنسان المرجعي أو الإنسان
الأساسي فهناك عدة يعني مراجع مفيدة ومهمة وكثير
منها مجاني يعني إذا أحتاج الواحد يشتغل هذا الشغل
وبحاجة إلى إنه يقارن بشيء مختلف ففي هذه مجموعة
مراجعالـ Human Genome Project اللي هو أوسع واحد
وأول واحد من 2003 بدأ يكون موجود وتقريبًا كامل لكل
المادة الوراثية تبع بني آدم يعتبر أنه سليم فاحنا
ناخد كيف أن هذا الكلام يعني مش مية بالمية دقيق
بقدر ما أنه متاحوممكن لما أنا ألاقي قطعة معينة
فيها خلل أو فيها تغير بطريقة معينة أسير أدور إنه
ممكن هذا اللي يكون الـ… الـ… الأقل ويكون مفيد يعني
اللي هقارن فيهفالـ «Human Genome Project» ممكن من
أول المشاريع بس فيه كمان ناس بيحاولوا يجمعوا كمان
قواعد بيانات عن الإختلالات الموجودة أو الطفرات
الموجودة أو الـPolymorphism الموجودةفهي أنه تستطيع
الواحد استفيد منها في قضية تقييم إذا كان هناك طفرة
معينة رأيناها إنها غير معلومة أو معلومة من قبل، أو
ما هو معروف عنها أو ما هو مش معروف عنهافهذه يعني
مراجع لعامة الناس لا تفيد يعني إنما إذا واحد منكم
إن شاء الله في المستقبل كان يكون عنده مختبر وعنده
إمكانية أو عنده عائلة عندها مشكلة وبيحب يدرسها
بشكل أدق حتى يصف كيف نوعية أنماط الإختلالات
الموجودة عندنا فهذه المراجع هذه مهمة وبذكركم كمان
إن الـ PubMedهذا إذا الواحد دخل فيه تحت غير الـ
Online Mendelian Database اللي حكينا عنها بتقدر
بيحطلك الـ DNA Sequence الـ RNA Sequence الـ
Protein Sequence وبحط المراجع هناك لكل الكائنات
الحية يعني مش بس الإنسانيعني إذا في المناعة لأنني
متخصص فيها اللي بتسمعه بالـ Toll-like receptors
اللي هي تستخدم في المناعة لـ مثلا التعرف على
الجراثيم هي حقيقة موجودة بالذبابةولأ، لما لاحظوا
أن الـ Sequence اللي في الإنسان في هذا المكان
مشابه لشيء معين موجود في الذبابة، في الـ DNA والـ
Sequence تبع الـ DNA وكذا، إيش اسمه؟ كانت القضية
مفيدة ومنبهة لإحتمالية وجود آليات معينةالنقطة
الأخيرة لما نقول إنه في الـ databases فيه أشياء
على مستوى الـ DNA على مستوى الـ RNA وعلى مستوى
البروتين على الثلاث مستويات هذه، بدل واحد يتذكر
إنه، راح نحكي بعد شوية على الـ SNP اللي هو Single
Nucleotide Polymorphism تغير في قاعدة نيتروجينية
واحدة، قدفي كثير من الأحيان أو في الغالبية قد لا
يكون هناك تغيير في البروتين الناتج فإنتهاء شغل
ممكن بالأخير تكون وظيفيا غير مؤثرة مع إنها يمكن
كاختلاف على مستوى الـ «DNA» موجود بس من ناحية
البروتين نفسه قد لا يكون هناك نتيجة في أسئلة فهذا
بدينكم في وصف درجة التعقيد ودرجة الاختلاف بين
البشر وليس في شخص واحدماشي، هناك مراجع متعددة ممكن
الاستفادة منها في أنه نفهم التعقيد
للجينات والمادة الوراثية في الإنسان عموماً، ماشي؟
في أسئلة؟ إذا حد عنده سؤال، يسأله الـ
هناك أنواع متعددة من التفرات أو التغيرات أو
الأشكال
والأنماط من التغيرات في الـDNA برجع بذكر مرة ثانية
على اعتبار أنه نعتبرنا اللي بدأنا فيه دراسة
الـHuman Genome إنه اللي افترض أنه إنسان المرجع
وهذه بس نقطة حتى نبدأ نعرف كيف نقيم فهناك أنواع
مختلفة من قضايا الاختلالات
أو التغيرات والأشياء الرئيسية منها نضعها مثلاً في
أربع أشكال وأنماط فهناك Single Nucleotide
Polymorphismوهذه على One Base Pair يعني قاعدة
نيتروجينية زوج واحد فقط منها في محل واحد بيكون في
اختلال إنه راح يكون بدل حرف معين بيصير حرف ثاني
النوع الثاني هي قضية يا إما خلل فييعني عملية
الانقسام وبناء الـDNA بحيث أنه يتم يا إما حفظ أو
إضافة أحيانًا من يعني قاعدة نيتروجينية واحدة إلى
حوالي مائة فهدولة يعني يا إما insertion عملية
إدخال أو deletion عملية حذففيطلق عليها كلمة Endels
يعني Insertions أو Deletions وبتكون ممكن تكون ما
بين قاعدة واحدة يعني Single nucleotide
polymorphism في الغالب اللي راح نحكي يمكن ما تأثرش
بس الـInsertion والـDeletion لأ لها تأثير قوي عادة
وأحياناً قد تصل إلى 100 يعني سلسلة من 100 قاعدة
نيتروجينيةفكان بتكون على شكل بسيط ماشي أو إنه
بتكون على طريقة تكون معقدة بتكون تسموها Micro
-satellite يعني نبارة عن قطعة أكبر من القواعد
النيتروجينية التي يمكن أن تضاق أو أن تحدثماشي، ف…
دكتور، في سؤال من كريم بخصوص الـ… الـ… يعني آخر
عمود في الجدول اللي هو الـNumbers أو الـNumber of
Elites، أيش اللي بيقصد فيه هنا يعني؟ لما يجي تتكلم
عن سؤال، فضل. الآن، يعني هذه ظاهرة دمّا تحدث،
ماشي، في Single Nucleotide Polymorphism، راح نحكي
حوالي عددها كبير، عادة عندنا الأصليفهذا one أليل
بيكون بشكل معين واللي فيه الـ Substitution راح
يكون الأليل الثانيفعادةً إحنا بنتكلم على إنه أنا
Two عندي Two Alleles Alleles اللي هو النسخ
الموجودة من الجين في هذا الموقع كام شكل هي موجودة
فيه يعني بنقول الـ ABO System إنه ثلاثي Alleles يا
إما A يا إما B يا إما O على مستوى الجين على مستوى
الـDNA، ماشي؟ فلما نكون عنده Single Nucleotide
Polymorphismبقول إنه عادة في عندى Two Alleles
ماشي، الآن راح نيجي ناخد يعني الأشياء، الأليل هو
شكل الـGene اللي ممكن يحل في هذا المحل، ماشي، في
هذا المكان من الـDNA، لما نكونالاختلالات يعني
عادةً إحنا ليش عرفنا إنه صار «deletion» أو صار
«insertion» لأنه قررنا بإيش مرجعي فبيّن معانا إن
هنا صار في مثلا حذف أو إضافة فلما يكون عندي حذف أو
إضافة بيكون عندي شو اسمه نسخ تاني إذا كانت simple
فظاهرة إنه على شكل مجموعة وممكن كذا مرة تتكرر فأن
أنماط الإختلالات أو الأليل الموجودة كلمة أليل لازم
تكونوا عارفينها يعني فاهمينها إنه في نفس الموقع
إذا البروتين أو الـ الـ الـ الـ الـ الجين إله أكثر
من شكل وكلهم بحلوا في نفس المحل فبتسموه أليل يعني
مثلا نحكي مثلا على الـ HLA System اللي هو تبع
المناعةالـ HLA-A اللي هو فيه HLA-A وB وC هدولة فيه
خمسمائة قليل، ستمائة قليل يعني في عموم البشر،
ماشي، فيه خمسمائة نوع، شكل بس في أي إنسان بتلاقي
منه ثنتين لأنه عندي أنا two copies ويله مكان واحد
لما نقول قليل يعني اللي هو البديل البدلاء اللي
ممكن يحلوا في هذا المكان على أكثر، على كام شكل
فالـ الـ الـ لما تكون الـ insertion و الـ deletion
إذا simple يعني عبارة عن قطعة صغيرة تم حذفها فلأ،
بتكون عبارة عن نسختين، يعني ممكناتماشي لما تكون
أكثر من إمكانية تكرار بالذات الإضافة ممكن مثلا
قطعة من خمس nucleotides تم إضافتهم بس في نسخة
معينة بتلاقي هذا التكرار مرتين وفيبنسخة ثانية في
القليل الثاني مثلًا أربع نسخة تم إضافتهم
كلمة قليل ما تعني في نفس الشخص تعني في ال
population تعني في البشر كلهم شوهو البدائل
الموجودة لهذا المكان في هناك أيضًا الـ Copy Number
Variants اللي هوبتلاقي إنه قطعة كبيرة وفيها جينات
كثيرة وبتلاقي إنها بتتم تكرارها أكتر من مرة يعني
بدرب مرة ثالثة لما نتكلم عن الـ Hemoglobin genes
الـ Beta-Globulin، الـ Beta-Chain، إلها نسخة واحدة
ففي عندي Two copies يعني بكون عندي محل واحدوهك
موجود، بس الـ «الفا تشين» فيه two copies منها
exactly the same ففيه مرات variation إنه بالـ
number of the copies of the variants هو بتلاقي
اثنين أو مرات أكتر، وفيه ال inversion راح نشوف
أمثلة عنها، وبرضه باعتبروا هنا إنه بكون عندى ال
possibility بهذا الشكل two allelesماشي، الآن هاي
مرة ثالثة نرجع نجي لمثال عرضناه من قبل قبل
المحاضرة الثانية أنه أنا بكون عندي reference range
طبعا حتى أصل هذه المرحلةبكون أنا بعمل أول شيء يعني
إن أنا بطريقة ما من خلال دراسة العائل المصاب وغير
المصاب قدرت أحدد قطعة معينة فيها مشكلة يعني بروتين
معين، جين معين هو اللي عنده مشكلة فباجي وقتها
بواسطة الـPCR تقنية معينة بروح بسوء Sequencing
يعني بروح بقرا شو الـNucleotides الموجودة في هذه
القطعةفإذا أنا عندي Reference معين اللي هو موجود
لهاي القطعة عند الـ Human Genome Project أو من
المحل المعين وبعدي بدرس الشخص الأول نفترض أو الفرد
الأول لما ألاقي إنه القراءة عنده بهذا الشكل فهو
عنده Two Allelesالأليل الأول طبعًا من الخمس إلى
الثلاث هو اللي بنقراها هو اللي بنعتمدها هو اللي
بنعتمد عليها التاني complementary مكافئة لها ولقيت
إشي مشابه تمامًا للـReference Sequence فهذه كانت
جزء ما في مشكلة لما جيت أقرأ الأليل الثانياللي
رأيته كانت تالي، اللي هو بهذا الشكل ما الذي حصل
هنا؟ اللي حصل هنا أن هذا الـ Position اللي هو
تقريبا رقم 8 ماشي، Position 8 في هذا الـ Sequence
وفي هذه القطعة، في هذا الـ Intro أو الـ X Zone أو
كده بدل ما هي T صارت Cفبمثل هذا الشكل يعني الواحد
بيلاحظ إنه اللي قبل واللي بعد كله تماما زي
الـReference Sequence ماصاش أي اختلاف فهذا نسميه
SNP Single Nucleotide Polymorphism فبنيجي نقراها
ثلاثات ثلاثات ثلاثات ثلاثاتالاحتمال أن هذا
الاختلاف قد يكون وارد أنه ليس له قيمة لأن هؤلاء
الثلاثيات الذينتين هؤلاء بيعطي نفس البروتين
أحيانًا قد يكون بهذا الشكل وأحيانًا لأ بتكون تخلف
الـ Amino Acid وبالتالي بتخلف البروتين وبتخلف
الوظيفة لو جيت على إنسان آخر ولقيت كالتالي النسخة
الأولى تمامًا زي اللي فوق النسخة الثانيةقريبة منها
بس اللي تم هو إضافة الـ «نيكليوتاد» الزيادة عشان
هيك شايفين هذا الطرف فوق طالق لفوق، يعني الزيادة،
ماشي، فطبعاً هذا ع كروموزوم و هذا ع كروموزوم، مش
اتنين يعني نحكي عن مسكتين الـDNA اللي قُبقى البعض،
أدوله ما لهم دخل البعض، يعني مش، شو اسمه؟يعني ما
بيكونوا قبال بعض يعني هيك فهنا هذا الجزء راح يمشي
كويس بس لما انتظر بهذه الطريقة Single nucleotide
insertion وعلى الـ Position هذا هذه النقطة وما
بعدها كله راح يخرب كله راح يكون قراءته مش صحيحة
الثلاثيات راح تتغير كثير فهذا تأثيره على هذا
البروتين أو على هذا الـGeneكارثي أو كبير جداً إذا
صار insertion لثلاثة nucleotides لأ والله ممكن أنه
تعد الأمور وتكون الأمور مقبولة يعني هنا تم إضافة
شو اسمه يعني الـ nucleotide أو nitrogenous base
زيادة هنا تم حذف نسختينفطبعًا مش راح يكون بهذا
الشكل اللي راح يكون الـC راح تيجي تحت الـT والـT
تحت الـT وكذا هتلاقي اللي تحتاني الأليل الثاني Two
nucleotides smaller فهي دواهر موجودة وهنا إحنا
بنحكي عن إنه أنا قمت بدراسة الـDNA على مستوى أحرف
الـNucleotides تبعاتهفي قطعة معينة وراح نحكي عنها
بعد شوية تفاصيل أكتر من ناحية أيش الـ الـ الـ يعني
الـ أيش التجارب أو أيش الأجهزة أو أيش الـ الاشي
اللي بيخليني أقدر أصل لهذه النقطة فيها أسئلة؟
فالأول
في الغالب يمكن ما يكونش له تأثير أو في احتمال قليل
إن يكون له تأثير الثاني والثالث اللي هم تهدرات
كبيرة جداً لو كانت الـInsertion أو الـDeletion
لثلاث نيكليوتايد كان لأ، راح يصير كله كويس حكينا،
فيها سؤالة
حكينا إنه ممكن أن يكون عندي Copy Number Variation
يعني هي إحنا هنا حسا طلعنا من الـ Single
Nucleotide Mutations يعني كل الأمثل اللي حكيناها
هي عبارة عن بتكون على مستوى الحرف الواحد ممكن تكون
عندي اختلالاتبرضه على مستوى إنه القطعة أكبر فهي
بيسموها Micro-satellite polymorphism يعني تكون
عندي قطعة أكبر ممكن توصل إنها تكون Gen أو كذا
أحيانًا يعني لو لاحظت أنا شغلي زي هيك مثلًا ناخد
هذا المثال بالأولإنه أنا قطعة بلاقي فيها إذا درست
ترتيبها في قطع تلاقيها A B C D E F G ماشي بالترتيب
A B وبعدين E D C ومن هنا F G H، شو اللي صار؟ إنه
هذه القطعة بالكامل جلبت طبعاً هذا على الأليل الأول
وهذا على الأليل الثانييعني شو هذا على كرموزوم و
هذا على كرموزوم مانا مدخل ببعض يعني مش احنا بنحكي
على نسختين اللي قبال بعض في مرات بيصير عندي copy
number variation A B C D E الـ F G بدل ما هي مرة
واحدة صارت F G F G F G H فصارت ثلاث مرات فهي بتكون
في اختلال معين«Mobile element insertion
polymorphism» يعني برضه قطعة إلى دخل بالتوجيه
بتلاقيها في اختلال بينها صارت أبعة وكانها متحركة،
فهذه يعني ظواهرعلى مستوى بنسميها Micro-satellite
يعني مش Single Nucleotide بدها طريقة دراسة أكبر
بدها يعني حتى نستطيع أنه نعرف أنه هاي على مستوى
Micro-satellite أنا مش داخل هنا على مستوى
الـNucleotides أنا ببدأ بالـNucleotides
والـSequencing وبعدين باخد قطعة بالكامل وبشوف شو
الاختلافات بينها ماشي؟
الآن يعني أنا بفضل إنه الواحد صحيح بالأخير
بيرسموله الرسم هذه وبيصيره
يعني يطلبوا منه يفهمها في دراسة أو كده وبتكون يعني
أحياناً بدك تكون اشتغلت في مختبر وشوفت كيف تنعمل
وبعدين عشان تفهم الكلام اللي تذكره هنا بحاول يعني
هي hypothetical يعني نظرية أنه أنا عنديالقطعة الـ
DNA بسوي
بيسموه Markers بيسميها مرات Markers عبارة عن يعني
قطعة شويه أكبر من الـ DNAوإن يكون الأحرف يعني
بترتيب معين يعني مثلا نفترض إذا استردنا يعني أنا
بقول دايماً الجينات تقريباً عشان تعطي بروتينات
نعتبرها زي قصيدة ماشي وبتلاقيك
لما بدك مثلا NASA، Google بدك تدور على إشي بتحط
كام من كلمة منبداية أو من البيت الشعر اللي بدك ياه
و بدك تعرفه و تستخدمها مثلًا يعني مثلًا باجي، أنا
بدي أدور على قصيدة «مروء القيس» المعلقة الأولى
يعني «قف أنا بكي من ذكرا، يا حبيبي» فبقول «قف أنا
بكي من ذكرا» لما أنا أحط قطعة أطول شوية، مش حرف
واحد أنا بحط، بحط مجموعةفكلمة «قفة نبكي» من ذكرة
مش راح تلاقيها في كثير من القصائد يعني هتكون شغل
نادرة فهي تقريبًا مميزة فقط لقصيدة «إمروه القيص»
فبالتالي أنا بستطيع أني أدرس وهنا بتكلم على مستوى
عائلي يعني أنا جبتالأب والأم والثلاث أطفال زي ما
هم حاطين هنا وعندهم هذه الشغل يعني دكتور، في سؤال
من دكتورة «كارميل» بخصوص اللي هو الـ «كوبي نمبر» و
«مايكروسوتالايت» وما هي الفرق بينهم؟ يعني الإتنين
في تقرار لـ «نيكوليوتس»؟ انتبع شغلياللي حكينا عنهم
بالنسبة
لما نتكلم على إنه بدي أستخدم الـMicrosatellite بدي
أستخدم يعني أنا بدي أشبهها الآن باللي بحكي عنه هما
شغلتين أشياء متقاربة اللي هي قضية إنه بطلنا نتكلم
على Single Nucleotide يعني هذه النقطة الأولى فاحنا
و أنا بنتكلم على قطعةماشي، فتعة قصيرة ممكن أطول
شويه لحد 100 نيوكلوتايد يعني اللي هين حاطينا هنا
ممكن يعني هاي اللي هي Micro-satellite لحد الـ 100
Base Pairs بينما الـ Copy Number Variance نحكي
ممكن من هنا من 10,000 لـ 1 مليون نيوكلوتايدالـ
Copy Number Variance برضه حاطينه على شكل شو اسمه؟
يعني على شكل قطعة أكبر من الـ DNA، ماشي؟ فأما
اثنينهم في قضية الممكن زيادة العدد يعني اللي هي
زيادة
عدد الـ Copies قصديفهنا هذه الأمثلة على الـ «Human
Genome Larger Than Snip» يعني خلاص، اتجاوزنا، أنا
بدأ أتكلم على هذه النقاط، بتكلم على إنه أنا بتعامل
مع يعني قطعة أكبر، سواء عدد قليل، «Nucleotides»
أربعة، خمس، عشرة، لحد مية أو حتى قطعة أكبر من
الـDNA، ماشي؟فاللي بدأ أحكيه هنا إنه المثال
هذا كاسمه «Microsatellite Marker Study» يعني عبارة
عن دراسة معينة هنا بنسميها فرضية أو تخيّلية أو
احتمالية تكون كذا اللي راح ألاقي كالتالي أناجبت
Marker اللي هي زي مجموعة كلمات مرتبة بطريقة معينة
زي «قفة نبكي من ذكرة» نستخدم هذه الكلمة فهذه
القطعة أنا باستفيد منها في قضية تدوير على هذا
الـGene اللي أنا قصدي أدور على جين معين في الحالة
هذه قصيدة «أبو العلاء المعرّف»بأجي أنا باستخدم هذا
الـ Marker وبدرس شو هو وضع العائل هذه بلاقي أن
مثلًا الأم طبعًا أحنا الآن الـ Marker لهذا الـ
Gene اللي هو للقطع هذه، هذا اللي أنا استخدمته
وبعدين بستخدم الـ Marker إن أنا أول شيء يعني زي ما
تقوله بكسر الـ DNA بشكل معين عساسي يكون قطعة أقل
وبعدين بعمل Electrophoresis يعني بخلي الـ DNA،
القطعة الـ DNA تمشي حسب الـ Electrical Charge تبعة
الـ Systemفإذا كان قطعة طبعاً بيحطوا مثلاً فوق
الـOrigin وبعدين بيخلوها تمشي فإذا كانت القطعة
كبيرة بتكون ثقيلة، بتتحركش إذا كانت القطعة صغيرة
فهي خفيفة فبتلاقيها تتحرك بشكل سريع فالفكرة
هنا في طريقة التناثرالـ الـ الـ الـ الـ الـ الـ
الـ الـ الـ الـ الـ الـ الـ الـ الـ الـ الـ الـ
الـ الـ الـ الـ الـ الـ الـ الـ الـ
الطفل الثاني أخد من الأب هذه القطعة وأخد من الأم
القطعة الثانية وبالنسبة للشخص الثالث فهي يعني حسب
أنا إذا بقدر ألاقي كيف يعني مين المصاب ومين السليم
في العائلة وشو علاقة الأب بالأم وشو نوعيت متوقعة
تكون نوعيته الوراثةسائد، متنحي، وكذا، هذه طريقة
لدراسة الاختلافات الموجودة بينما لنفس هذا الموقع،
لنفس هذا الـGene، ماشي، لو جبت أشخاص آخرين من
الـPopulation، راح ألاقي لو كل واحد عنده Two
copies، في الغالب، بس بتكون أشكالهم مختلفة، فلما
نيجي نحكي هنا علىيعني كم قليل متوقع يكون موجود؟
يعني هذه العائلة فيها Two Alleles بس، ماشي؟ اللي
هم يعني أو هنا بدأ تكون Four Alleles، ماشي؟
أحيانًا إذا فيه Homozygous راح يطلع اثنين فوق بعض
يعني راح يبين في شخص عنده نسخة واحدة بس هنا Four
Alleles، بدنا نعتبر، ماشي؟ هنا الـAlleles أكثر حتى
في الـ Unrelated Individuals وهذه باستخدام تقنية
إنه أنا أدرس قطع الـ «جينوم» أو قطع الـ «DNA» بحيث
أنه أدرسها على قضية الـ «مايكروسيلتالايت»
variation و diversity وبتكون هيك ظواهر بتكون
موجودة بين البشر في أسئلة؟
بالنسبة لعلاقة الـ «جين»
مع الطواهر اللي حكيناها هو برضه hypothetical، يعني
نظرية أو افتراضيةإذا عندي أنا هذه الأشياء الأصلي
طبعاً هنا إحنا الـReference Sequence اللي أنا بدأت
فيه وهنا هذولة الـTwo copies تبعات الـDNA في One
Allele يعني هذه الجهة واحدة مش زي الصور اللي قبل
شوية كنا نحكي عن Two Alleles فهنا إذا حكينا إنه
أنا صار عندي Substitution Single Nucleotide
Polymorphismمثلًا في المنطقة هذه بحيث أنه صار عندى
بدل ما هي البقية كله بالترتيب صار هنا CGC بدل TA
بهذه الطريقة فهي ممكن تعتبر ظاهرة وهي راح يكون أن
كل هذا القطعة راح تغير الـNucleotide تبعهاوبالتالي
قد يعني تؤشر لـMinor asset ثاني وتعمل substitution
وتغير، بس أحيانا قد لا تغير، نصير عنده deletion
ماشي، ماشي، ماشي،
ماشي،
ماشي، ماشي، ماشي، ماشي، ماشي، ماشي، ماشي، ماشي،
ماشي، ماشي، ماشي، ماشي،
دولة أمثلة من التفرات اللي ممكن تحدث لما
نيجي ندرس بالنسبة للأمراض الوراثية والحالات
الوراثية اكتشفنا بعدين إنه مسؤول عن كتير من
الظواهر اللي بنشوفها فلو جينا مثلًا ندرس أمراض
وحالات قديعني بعرف الواحد بعض منكم بعض المصابين
بهذه الحالات بس هي فكرة عشان نعطينا مؤشر كم مثل
هيك التفرات شائعة أو كم موجودة أو كممتوقعة أنها
تكون موجودة طبعاً هذه حسب دراسات معينة في يعني
populations معينة في بلاد معينة بين البيض، بين
الصينيين، بين الأفارقة، بين كذا، بين كذا فكل
مجموعة يعني بيعطونا أيش الـ أيش النوعية المشكلة
اللي عندهافي الحالة الأولى اللي هي اسمها
Acondroplasiaماشي، اللي هي يعني نوع من التقزم
بتشوفوهم كثير بالتلفزيون وممكن ناس بتشوفوا مثلهم
بعض الناس بعرفوا ناس عندهم هذه المشكلة الشخص
بيكون هذا هو أخوه تقريبًا أكبر من أخوه هذا بس حجم
راسه طبيعي، حجم جسمه طبيعي، بس أطرافهقصيرة، طبعاً
الـ Upper limbs والـ Lower limbs وبيأثر على العمود
الفقري بعدين وبيعملهم مشاكل، ذكائهم طبيعييعني فيه
ممثلين كبار فيه أطباء عندهم أكندربلازيا فيه صور ده
بتشوفوا ففي حالة راح ناخدها وفي اسمها Case رقم 2
اسمه الـ «أكندربلازيا» الجينات اللي فيها مشاكل زي
ما انتوا بس ملاحظة حتى تكون واضحة عندكم اللي هي
إنه بيكون الجين حاطينه Capital LetterFibroblast
Growth Factor Receptor 3 FGFR3
هذا الـ «لوكاس» تبع الـD الجين وإيش البروتين
المكافئ له اللي راح يصير فيه الاختلالهو عبارة عن
«Fibroblast Growth Factor Receptor» عبارة عن يعني
هو بيصير اختلال في نمو العضل الـ… الـ… الـ… الـ…
الـepiphyseal plate اللي هي في العظام الطويل اللي
على الطرف اللي بتسبب نموه عند البلوغ ونموه من قبل
بتلاقيها في خلل فيها ما بتستجيب لعوامل التنشيط
بشكل حقيقي أو سليم فهذه الـ الـ يعني يمكن لما
ناخدها بشكل تفصيلي أكثر بتكون مثال على مرض يعني هو
«Tosomal Dominant»ستجد الـ Mendelian Inheritance
وهذا الجين وهذه البروتين المسؤول عن إنه طالع من
نتيجة الجين وهذه ستجعلنا المرض يسميها كندروبلازيا
والـ mutation rate 1.4 في 10 أوص ناقص خمسة يعني
حوالي 10 أوص ناقص خمسة يعني بدنا حوالي 100 ألف بني
آدم كل 1.4 يعني مثلا 140 ألف بني آدمبيطلع لي واحد
عنده هذه المشكلة ماشي بيقدّر الواحد عدد السكان في
البلد وهذا تقريبًا بهذه النسبة في حالات أخرى كثيرة
فيها هذا اسمه «دوشين مسكولر ديستروفي» عبارة عن برض
في ضعف العضلات فالـ «دوشين» هو النوعية الشديدة منه
في أنواع خف في ضعف العضلاتفهنا يعني بيحاولوا يمثله
بيسموه «Going Sign» كيف أنه الطفل أو الإنسان لما
يحاول يوقف بس كأنه بتسلق على نفسه زي ما يقوله يعني
حتى يعرف يطلع ويصير شوي شوي وما عندهوش قوة عضلات
يسويها المرض الثالث هذا X-linked recessive فيه مرض
ثالث اللي هو أنواع مختلفة Von Reclinhausen اللي هو
الـ Neurofibromatosis type 1 عبارة عن البروتينال
فكل واحدة منهم، فهناك دراسات متعددة لنسبة
تواجد، نسبة حدوث، نسبة حدوث
التفرق بالشكل اللي بتسبب بعدين المرضطبعًا يعني مثل
ما درست مثلًا بشكل معين هنا ممكن نلاقي نقول إن
المصاب هو المصاب يشيرلي على إن الإصابة نشأت مثلًا
في أم على الـ X-Chromosome بس هي لأن عندها Two
copies ماصارش معاها مرض وكان فقط حامل وبعدين
الأطفال الدكور بعضهم بيطلع عنده المرض يعنيفهذه
كلها أشياء يتم دراستها و... إذا بدنا نأخذ الـ
Mandela Inheritance تقريباً نتكلم على بالألاف،
عشرات الألاف من الأمراض ممكن تكون هناك اختلالها
لما
ندرس الأمراض الوراثيةباللاقي إنه إذا بقدر شو نسبة
حدوث نوعية معينة من الطفرات اللي تؤدي لهذه
الإشكالية
باللاقي إنه اللي هو بيسموه Miss Sense Mutationاللي
هي أنه يعني اللي بفهمها «Nucleotide Substitution»
ماشي، يعني هدول اللي هما الـSnaps الدرجة الأساسية
اللي هي أنه خمسين بالمية من الأمراض اللي من ديالية
إذا بتيجي بتشوف شو نوعية المشكلة اللي عندها،
بتلاقي كثير منها عبارة عنSingle-Nucleotide
Substitution بس بيخرّب الـ Amino Acid بيخرّب نتيجة
ذلك واضيفة البروتين وبالتالي بيصير عندك مرض ففي
أحياناً بتكون أنه الـ Single-Nucleotide
Substitution أدى إلى أنه اللي بيطلع هو بيقوله بدل
ما البروتين بيكون طويلبيجي مقطوش نصه ربعه جزء منه
عساسي كان Premature stop codon يعني بالصدفة الـ
Substitution كانت نتيجتها stop فبالتالي بوقف الـ
Transcription وبالتالي بطلع البروتين ناقص وبالتالي
مظيفته مش مظبوطة في أحيانًا الـ RNA Processing
Mutations يعنيفي أحيانًا اللي حكينا فيه Intron
وفيه Exon وبدنا نلف بطريقة معينة حتى نقطعها حتى
نعطي الـ Messenger RNA فأحيانًا الـ Mutation في
موقع خطير لهذه القضية بحيث أنه بنتج عنه أنه ما
بتمكن الـ RNA أن يتم نسخه لبروتين بشكل جيد وكويس
فهي تقريبًا نسب الأشياء بس الـ «سنب» صحيح راح ناخد
بعد شوية هي نسبها عالية ويمكن ما تكونش إلها قيمة
بس من الأمراض هي تمثل خمسين بالمية من الأشياء
المعروفة حاليًا بالنسبة للـ «ديليشن» والـ
«إنسيرشن» برضه لو one or twoراح يكون مشكلة كبيرة
فـDeletion تمثل 25% من الأمراض الوراثية اللي
بنعرفها الـMendelian وبتكون 25% لو كان على عدد
قليل، يعني one or two nucleotidesأو أربعة أو خمسة
المهم مش ثلاث ثلاث وضعفاته يمكن ما تأثرش كثير إنه
كوظيفة بشكل كامل على البروتين فهذه أنواع إذا بتكون
deletions وinsertions يعني النقطة اللي بدأ كل واحد
يتذكرها إنه تقريبًامن الأمراض الوراثية المندلية
نسبة 50% هي SNEP Single-Nucleotide Polymorphism
نتجت عنها Amino Acid Substitution يعني صار عندي
تغيير في الـ Amino Acid حيث أنه أنتج عنه المرض في
أنواع أخرى، طرق أخرى ممكن SNEP يؤدي لمشاكل وربع 25
% بتكوناللي هي بالأخير هون بيسموه «mis-sense» هاي
بتعتبروها «non-sense» أو إنه بتخرّب الـ الـ الـ
DNA كقراءة بحيث إنه بيبطّل يسيل الـ protein اللي
أنا مطلوب إني أعمله أحيانًا
يعني هناك طرق متعددة لكيف بيصير الـ Deletion أو
كيف بيصير الـ Insertion أو كيف شو اللي بيصير عندنا
وهذه أمثلة يعني جيد
الواحد يعني يكون على الطلاع عليها أو على الأقل حتى
يحاول يقرأ بعدين عنها يعني يكون مستوعب شو الكلام
اللي هوهنا الـ «Hemophilia» الـ «Hemophilia»
المعروف فيه على الـ X-Chromosome فالـ X-Chromosome
فيه عليه الـ «Hemophilia» هو «Factor 8» الـ «جين»
وبالتالي طبعًا الـ «Hemophilia» A لأنه فيه
«Hemophilia» B اللي هي «Factor 9» مش «Factor»
بتلاقي هنا أنه بسبب هنا أنه الأصل أنه أنا عندي 23
إكزون فعندي 22 إنترون بالنص ماشي فالنتيجة
يعني
احتمالية حدوث Loop معين في Silk أو حبل الـDNA
بيصير عندى عملية اختلال في ترتيب وفي يعني هنا صار
زي Loop وقلب في ترتيب الـIntrons والـExons اللي
موجودة لهذا الشيء الأصل أنا عندى A هنا البداية
وببدأ الـ Intro on 1، 2، 3، لحد 21، 22، وبعدين في
عندي Point ثانية عادة بتعمل مشكلة، وبعدين الـ23،
هيك الأصل ينقرأ، هيك الأصل يكون طبيعي، فنتيجة
الـLoop هذا اللي بحدث، فبصير عندي أنه بدل ما هو
يبدأ بواحد، بيبدأ 22، 21، بقراه هيك، وبعدين 23 آخر
شيء،فالأمر بالنسبة لمن يكون ترتيب الـ «بروتين» الـ
«جين» بهذا الشكل إنه خربان، ما بيفيدني مش هيعطيين
الـ «بروتين» اللازم وبالتالي بيعمل نقصان الـ
Plotting factor وبالتالي عملية النزف والمشاكل اللي
بيصيب عند الإنسان هذا مثال على حالة ومرض وشغل معين
بتكون إنهOkay، يعني بالأخير الكتل كلها موجودة حجم
الـDNA نفسه بس ترتيبه مختلف وغلط نفترض
إن أنا جبت أي واحد منا ودرست الـWhole Genome
Sequencing يعني الـWhole Genome Sequencing بذكر
مرة ثانيةلما عملناها من خلال الـ Human Genome
Project بدوا بالأخر القرن اللي فات أو من 2001 إلى
2003 لما نخلصوه اشترك فيه حوالي، يعني يقال حوالي
700، 800 مختبر في العالم ودفعوا مصاري كتير وطولوا
كتير وبيقرأوها كانوا بيقرأوها بشكل بطيء، الآن
التقنية بقول زي تقنية الكمبيوترات بتلاقي إنه
الأجهزة صارت أسرع بكثير وبقدرات عالية جداً فالآن
إذا حد بده يعمل Whole Genome Sequencing راح ناخد
عنه مرة ثانية بقدر أبعث حين الدم على المختبر اللي
بعملها يعني في الأردن تقريباً نتكلم تقريباً 600،
700 دينارالمختبرات العالمية بتعملها ومش أي مختبر
يعني عادة يا هولندا يا كوريا هذولا بيعتبروا عنا
شاطرين وبيحاولوا يبعثوا الدم له فالـ 9 مليارات الـ
Nucleotide اللي بيجيبوهن المعلومات هذه بدها تكون
على External Hard Disk يعني Two Terabytes فاهمين
علي؟بيدّك كمية تعتبر هائلة من المعلومات في الغالب
ما لهاش قيمة راح نتكلم عنها لما نقعدي أنا أفرض Any
individual genome will contain the following هذه
يعني أنا روحت مسكت بني آدم وأخد دمه وقريت الـ9
مليارات حرف في الـDNA تبعه وعندي إمكانية أقارن مع
الـ Reference Sequence
اللي أنا أخدته Baseline وبأجي بعمل المقارنة بقدر
إنه من هالـ 9 مليارات فيه حوالي من 5 إلى 10 مليون
Snap يعني هتلاقي ما يقل يعني لو جيت أخدت أنا
بالنسبة لأيقطعة ثانية أو لأي شخص اللي هو في الـ
Reference اللي بعتبره Reference مش أقل من خمس
لعشر، لأ ملايين Single Nucleotide Polymorphism
بلاقيهم منهم خمس وعشرين ألف لخمسين ألفاللي هو
الـRare Variance، الـMutations الخاصة والـSeen or
Not Seen في خمس بالمئة وقليل من 5% من
الـIndividuals Tested يعني حتى يعني هنا السؤال لما
أشوف أنا اختلاف زي هيكة دائماً هل هذا معناه أن هذا
مرض؟ هل هو حالة؟ هي عبارة عن كيف ترتيب الـDNA
موجود في هذا الإنسانماشي، فاللي بدأ نحكي أنه مش
يعني في أي واحد مننا راح يكون حوالي بالملايين من
خمس إلى عشر ملايين Snap اختلاف عن المصدر الأشياء
هذه كثيرة إذا شائعة وكلمة شائعة ماشي هي علمياً لما
نقول Polymorphismالـ Polymorphism لازم تكون موجودة
في أكتر من 1% من الناس عندما تكون موجودة في 1% من
الناس، بنقول عنها Polymorphism ماشي، إذا أقل من
وجودها بين البشرأقل من 1% بنعتبرها Variation أو
Mutations وبنعتبرها ما وصلت Polymorphism وإن كان
Polymorphism أو غيره ممكن إثنانهم يسببوا مرض يعني
فبتوقع الواحد من 25 ألف لـ50 ألف Rare Variant في
أي إنسان تقريبًا 75 محل New Base Pair Mutation Not
Detected in Parental Genomesيعني أي واحد مننا
متوقع ما هو الخلايا بدأت تنقسم بدأت تعيد بناء الـ
DNA البناء الـ DNA مش 100% يعني لا يمكن يخطئ فيه
نسبة خطأ كبيرة الإشعاع والكيمويات والأمراض
مرات وليش بيصير cancers وكذا لأنه بيتم إدخال طفرة
معينةالماد اللي بالذات إذا الواحد بتكلم عنه الـ
Autosome الـ Dominant طب إنسان ماعندوش بين أبواه
المرض السائد بدات الطفرة عنده هو فبالتالي في 75
expected new base pair mutationsما كانت ظاهرة عند
أب وأم الشخص، أي واحد مننا فيه «CMV» يعني قطعة
أكبر من الـ «DNA» بتم يعني إضافتها أو تكرارها
حوالي من 200 ألف لـ500 ألف Indels اللي هو
«إنسيرشن» أو «دوليشن» من واحد لخمسين base pair
varies by populationيعني إذا اتكلمنا من خمس ملايين
لعشر ملايين Snap منهم حوالي يعني أقل منهم بكثير
بتلاقي اللي هو الـInsertions والـDeletions بتخيل و
بقدر فيه ألف Deletions بكونوا
أصغر شويةفيه 150 In-Frame، In-Deletions لـ250
Shifts فيه
100 ألف لـ12 ألف Synonymous Snap من حوالي برضه 10
ألف Non-Synonymous Snap يعني الفكرة إنه أنا لما
أنا قاعد أخد أي واحد منها وأسوي له Whole Genome
Sequencing في الغالب، راح ألاحظ عدد كبير من
الاختلافات عن الـ Reference Range المصدر الرئيسي
أو المرجع الأساسي تبعنا ويكون فيه اختلافات كثيرة
حتى ممكن عن والدي ووالدتي وكل واحد مننا ربنا خالقه
بطريقة مميزة، سبحان الله في أسئلةيعني دكتورة
أسماء تسأل الأرقام الموجودة في الـ «سلايد» دي كتير
يعني مش قادر تستوعب أيش المطلوب فهو أيش المختصر أو
المطلوب من الـ «سلايد» اللي زي هيك؟ المختصر
المطلوب إنه إذا لو سألتها «كم نيكليوتايد موجود؟»
لما أنا أقراهمالمفروض تكلّي تقريبًا تسع مليارات أو
ثلاث مليارات، يعني ثلاثة في عشرة أقصد تسعة
نيكليوتيد، هيك الـWhole Genome تبع الإنسان فلمّا
أدرس أي بني آدم تقريبًا فيه من خمس لعشر ملايين
سنة، يعني هي أولهايعني هل طبعًا عشر ملايين، لو
افترضنا عشر ملايين يعني كدهش؟ يعني عشر أقوى
السبعة، صح؟ هذيك الثلاثة في عشر أقوى التسعة ففي
عشر أقوى السبعة تقريبًا من الـ… من الـ… من الـSNP
الفكرة أنه في عدد كبير من التفراتبعضها لإن 75
مثلًا مش موجودة عند الأباء يعني أي واحد منها
تقريبًا يعني إذا بدي رقمين إنه خمس لعشر ملايين
طفرة على مستوى Snip فهي عدد أقل عشرات الألاف، خمس
ألاف، ألفين قطع أكبر شوية، يعني الـSnip شائعماشي
الأشياء الثانية أقل وفي حوالي خمس وسبعين mutation
ما بتوقعها تكون موجودة في الأبوين وبتكون يعني هي
ظهرت في هذا الإنسان نشأت في هذا الإنسان ماشيباقية
الأرقام ما بدناها شيها ومش هدفي يعني هم هنا هذه
كلها زي ما أنتم شايفين بحطوا لك هنا أن الرقم
تقريب، الرقم تقريب، الرقم تقريب يعني مش عدد كبير،
هيك خلّيني أن أخذها، عدد كبير بس في حوالي بقدره
خمس وسبعين يعني عشر ملايين أو خمس ملايين Snap
تقريبًا وخمس وسبعين طفرة جديدة في أي واحد منهامش
موجودة في أحلام ماشي تفاصيل الرقم ما بديشي يعني
طبعاً مش منطق الواحد يحفظهم يعني مش شطائر فهذه
الجزء هذا اللي حكيناها اللي هو من المحاضرة اللي
عدناها لأن ماقدرناش نشوفها المرة اللي فاتتباللي هي
وصف ممكن
إعادة إيش، بس دقيقة شوية هو السؤال اللي جابته قبل
شوية، دكتور، خصوص الـ«سلايد» السابق نعمالفكرة أنا
ما بدي تحفظه رقم بقدر ما تكون عندك مفهوم المبدأ
تبع الموضوع، ماشي؟ والآن راح نيجي على برضه إشي
قريب منها اللي هي مبدأ إنه أنا كجينات
عددها كبير أنت أحيانًا بحاجة إنك تدرس الموضوع
على مستوى الـ Molecule على مستوى الـ One Single
Nucleotide Polymorphism هذا يعني واحد من التسع من
الثلاث مليارات، بدك تدور عليهممثلاً، يعني تقولّي
في البشرية كلها «مين عمّار، خالد، داود، هذا، شو
هو؟» لما تيجي تاخد كل البشر وبين أنك تقول عموم
البشر كلهم «شو بيصير فيهم؟» يعني فاهمين عليك؟ فهي
يعني هذه قضية بتكون، شو اسمه؟ يعني بتكون أحياناً
هيك أنه يكون عند الواحد تصور إلها مهم يعني، ماشي؟
تفاصيل، اختلالات، لأ، مابدناشراح نتكلم بعدين على
أمثلة عن إذات بعض الأمراض الوراثية حتى نوضح مبادئ
معينة، ماشي؟ في أسئلة ثانية؟
بقيت المعلومات هيك، يعني خلينا الواحد يكون فاهمها
بشكل سطحي، يعني كمبدأ، يعني بهمني الواحد يفهم
المبدأ، ماشي؟الفصل هذا راح نبدأ فيه فيه أسئلة كمان
يا دكتور أحمد؟ لحد الآن لا يا دكتور طيب، الآن مش
غلط الواحد يكون منتبه لإيش أنا أملك من أدوات حتى
أفهم إذا شكيت في عائلة عندهابحالة ويراثية أو مرض
ويراثي كيف أفحص الجينات
والـ DNA والـ Genome وكيف أنا بعمل وهذه بيسميها
Clinical Cytogenetics and Genome Analysis المثل
اللي حكيناها الآن الـ SNPوالـ Micro-satellite
array هدولة يعني أمثلة لأشياء أنا بقدر أسويهم بس
في عندي أدوات أخرى وده أنا شكيت أنه الحالة نتيجة
نوع آخر من الاختلالات في عندي بعض الأدوات الأخرى
مش غلط الواحد يعرفها الفكرة
أنهيعني الأساس إن الواحد، أنا بظن إن هذا slide مهم
كثير، ويعني،
خلّيني بس أشيل هذه،
مش راضي، بس ما في، طيب،
أنا بظن إن الـ «سلايد» هذا من أهم الأشياء الواحد
يكون فاهمه لما أنا بدي أو بفكر إنه فيه مشكلة على
مستوى الـ «كروموزوم» على مستوى الـ… على مستوى
العدد الكبير من قطعة الـDNA بحاجة إن أعمل الفحص
اللي بنسميه «Standard Karyotype»الـ Karyotyping
اللي هو قلتلكم بتجيب خلايا سواء دم ولا غيره بتعطي
مادة زي الـ Colchicine في الدواء اللي بيمنع تكوين
الـ Spindle Fiber فتقدرش الكروموزومات تنفصل لقطبين
في انقسام الخلية وبالتالي بتظل الكروموزومات بالنص
بتروح، بتوقف على طاولة عالية يعني كنا تقريبًا
ارتفاع متر ونص تلاثة أو أقل من ثلاثة بالخلايا اللي
بتكون، يعني أتأمل إذا كان فيه ثوان حتى لو تشوفوا
فيديو كيف بنعمل الـKaryotype هذا بتسقطها على
الـSlidesوبعدين بتصير عملية الصبغ للـ Chromosomes
وبيبين عندها الـ DNA بالشكل المضغوط اللي هو على
شكل الـ Chromosomes الـ 23 زوج اللي هو الـ 22
أتظامن والـ X والـ Yلما نعمل بهذه الطريقة بنكون
اللي هو «Standard Karyotyping» وبيكون بيسموه
«Routine Banding» يعني هذه طريقة حتى نعرف وراح
نشوف أمثلة كده بيكون شكل الأشي اللي بيطلع حقيقة
معانا وبيكون هاي لما أنا أشك أنه بيعندي مشكلة فيها
عدد يعني زي «Down Syndrome» «Turner» «Crime
Filter» أمراض زي هيك، بتلاقي أني بعمل هذه الطريقة
وهنا بيكون الـ… يعني ما في إمكانية إنه يتكلم عن
إشي متخصص «سنب» ومش «سنب» وكده، لأ إحنا ما بنتكلم
عن هذا الـBandage العادية بيعطينا عدد معين من الـ…
المطاقات
على الـChromosomeممكن أن أنا أحسن الموضوع شويه
لأعمل High-Resolution Banding يعني إذا أنا شكيت
طبعاً إحنا هنا هاي ثلاث مليارات Baseband اللي يعني
إحنا لما نحكي عن الكرموزومات والـDNA بشكل كلي بدنا
نتكلم على عدد كبير من الـNucleotides عشرة أو
ستسعة، ماشي؟لما بدي أدى أنا مثلا في بعض الأمراض
والحالات بتكون مربوطة باختلال في قطعة أصغر شوية
يعني هو أنا ثلاث ملايين لمليون Base Pair سواء
Deletion، Copy Increase، كذافهنا إذا بستخدم يعني
High 400 لـ 550 Band Stage أو 850 Band Stage تسموه
هنا High-Resolution Banding لما أنا أقرب على إنه
أنا بحاجة إنه أدرس إذا في بعض الأمراض نتيجة اختلال
بقطعة أكبر شوية من الـ… من الـDNAبدي أعمل High
-Resolution Banding راح نشوف بعض الصور بعدين في
أشياء بتكون لأ يعني بقدر أدرس على قطع أصغر شوية
Comparative Genome Hybridization أو الـFish
Analysis أو الحمد لله Chromosomal Microarray
الـFish راح نشوف صورتها كيفالـ Fluorescent Encyto
-Hybridization هيك الإختصار تبعتها وهنا يعني
قريباً صرنا ناخد زي الـ Microarray أنا بجيب قطعة
مكافئة لإيش أنا بديها وبالتالي بصير أدور عليها في
كل الـGenome وبشوفبعدين سواء بعمل Electrophoresis
بشوف كيف توزعتها شو أحجام القطع اللي موجودة فيها
ويكون هذا مؤشر على مرض معين، خلال معين، ظاهرة
معينة وإذا بدي أروح على تفصيل أدق، بدي أبدأ أعمل
Whole Genome Sequencing هذا اللي بكلف، يعني
الـKaryotype، يعنيبقدر يمكن 20، 30 دينار بيكفي
بيعملوه يعني عبارة عن جهد بشري وشوية مواد بسيطة
وصبغات وخلاص هنا النتيجة راح تكون يعني 9 مليارات
حرف ويعني العقدة مش المشكلة اللي هتعملها بس
الأجهزة بتعملها بس هاتميني دلّكعلى وين تدور، وماذا
يتدور، وما الخلل الموجود يعني هذه النقطة
فهنا increasing resolution يعني درجة التعقيد أكثر
من النظرة في الدراسة
وهكذا تكون ترتيب الأمور
بالنسبة لما نعمل كاريو تايب أنا بس بدي أفرجيكم هنا
هذه أقرب صورة يمكن هذه الصورة هيك ماشي هيك بيكون
شكل الكاريو تايب يعني هذه الـBands هيك عادة
بنلاقيها فلما أنا آجي أدرس الـ… الـ… الـIdiogram
ماشيالـ «G-banding pattern for human chromosomes
at metaphase with approximately 400 bands per
haploid» يعني بيكون هيك الترتيب الأمور مثلًا هذا
الـChromosome الأول بتبدأ من واحد من هون وبعدين
إيه بتصير نعطيه أقام وبتصير أي يعني أشياء تقريبًا
مصطلح عليهاوبتكون هيك شكلها لما قاعد أدرس أي كاريو
تايب بيعطيني هذه الأشياء ممكن إذا أنا عارف مثلا
«دا جورت سندروم» تبع المناعة،
ماشيفيه على كروموزوم 21 الـP تحت فيه بيصير إنه
«تخلص» بيصير إنه «تغيير» بيصير أندي خلل معين
بتعطيلي مشكلة فإذا أنا يعني مش عندي شك سريلياً
بموقع معين بمرض معين بحالة معينة بطلب الـKaryotype
وبخليه يدورلي على هل الـBand زي ما أنا شايفه هنا
مظبوطةهي الطبيعية المتوقعة ولا فيها اختلاف هنا الـ
«Chromosome 5» وهذه نستخدم صبغة ثانية فبتعطينا بل
يعني نطاقات أكثر فهذه ممكن أستخدمها علشان إذا برضه
في حالة ثانية بتلاقيني بحتاج إن أعملها بتفصيل أكثر
في موقع معينيعني الاختلافات وبعد شويه أظن واحدة
اللي هي 850 Band يعني طريقة بتكون بتعطيني أداء بس
هاي كلها أشياء يعني حتى أحدد شو المطلوب بدي يكون
حسب المرض، حسب الحالة، شو المعروف من قبل، وين
الخلل في مثل هذا المرض، وبالتالي بصير أدور عليهفيه
تقنية اسمها الـ Fluorescence in C-2 Hybridization
يعني أنا عندي الآن بتسير لمثلًا لأمراض نفترض مرض
خطير، مرض يعني
مثلًا مرعب مثلًا مرات بدا الواحد كمرض ورافي اللي
هو مثلًا نفترض إشي مرعبراح تاخدوا إشي اسمه
«Hunting Things Korea» عبارة عن مرض بيسبب شلل
رعاشي وبيسبب وفاة وبيسبب يعني وفاة سريعة بشلل
للأسف هو ساعد، يعني autosomal dominant وبيبدأ في
الناس على عمر الأربعين يعني عادة الأمراض الشديدة
بتلاقيها بتبدأ بشكل مبكروالطفل المصاب ما بيخلف، ما
بتزوج إنما هذا حالة يعني خطيرة إذا الواحد بيشوف
حدا من أهله عنده إياها وبتبدأ على عمر الأربعين
بيكون الواحد صار متجوز ومخلف وكده، فاللي راح يصير
إذا اكتشفت هذه الحالة إن الأقارب، الأولاد، البنات،
يصيروا كلهم مرعوبين طب أنا حامل هذا الجيل ولا مش
حامل هذا الجيل؟عندي يا ولا ماعنديش يا؟ فإذا عندي
نتيجة حالات من قبل، نتيجة دراسات من قبل الـ Prob
يعني قطعة صغيرة زي مفتاح زي لما نحن مثلًا إذا نشبه
الموضوع المرة الثالثة لما تعمل Google Searchقفة
نبكي من ذكرا حبيبا خلاص بحط هاي القطعة و بكون هاي
نفترض الـ Probe بهذا الشكل هي مؤشر على الإنسان
الطبيعي عشان القصيد الأصلية الطبيعية ولكن نفترض
للناس اللي عندهم مرض إنه يكون الـ Probe بشكل قفة
من ذكرا حبيباما جبش القطعة نبكي من ذكرة، يا عزيزي
لأنه انشطبط هذه القطعة أو النقطة الصغيرة فصار أنا
عندي في مفتاح آخر بقدر أستفيد منه أني أدرس على
الجين المصاب فباجي أنا تقنية الـFluorescence in
Cetohybridization هنا الحاطين اللي هوالـ 4Q12
Red Fluorescence هذا قطعة معينة مثلًا في الناس
الطبيعيين بتكون بهذا الشكل والـ 4Q31.1 بتكون
بتعطيني لون Green فباجي أنا بجيب خلايا العائلة
المطلوبة دراستهاومثلًا أنا استخدمت هدولة الأثنين
وبعدين هدولة الـ Fluorescence dye اللي هي الأصباغ
المشعة أو الأصباغ اللي
لها Fluorescence ماشي، بتصير تبين عندي بشكل أحمر
أو أخضر حسب اللي أنا موجود فطبعًا
هناالـ يعني تفاصيل الواحد إذا بده يفهم مثل هيك
صورة بده يقرأ بالتفصيل الدقيق الممل «شو الحالة؟»
«إيش كان البروب؟» «ليش أخدوها؟»من وين طلّعوا؟ شو
الـ «sensitivity» و«specificity»؟ يعني كم نثبت إنه
هذه الطفرة بهذا الشكل هي في المرض هذا حقيقة مؤشر
عليه ولا مش مؤشر عليه؟ يعني دايماً الفخصات عبارة
عن شيء أحياناً له تأثير شديد كتير كتير كتير يعني
إحنا سواء الآن كل كلامنا على فحص الـCOVID مثلاًما
فيش فحص في العالم COVID ولا حتى HIV ولا كذا 100%
في كل شيء يعني إنه لإن الفحص أحسن شيء لازم 100% من
المصابين الفحص يقولّي إن هذا مصاب وبنفضل يكون 100%
باللي غير مصابين يطلعلنا الفحص إن هذا غير مصاب
فهذه الظاهرة اللي بنسميها Sensitivity وSpecificity
هذه أمرا ما بتكون 100%الـ 99% بيكون مقبول بس ممكن
تكون تعطي مشكلة كبيرة الـ 1% اللي ماعندوش المرض
بتقوله عندك المرض بروح بنتحر يعني مرات إذا كانت
تسير لما يسمع إنه عنده حالة خطيرة، حالة مرض كده
فالصورة
هذه بتقولنا على إنه من الأدوات الموجودة عندنا لفحص
الوراثة وأحيانًا للتعامل مع التشخيص ضمن عيلة معينة
لمرض معين، لحالة معينة ويبدو الواحد يرجع لمراجع من
قبل ويكون فاهم شو الفحص اللي بعمله باجي بدور علشان
أقدر أشخص هل الطفرة اللي يعني المدللة على مرض معين
موجودة ولا غير مجموعةفيها سلاح فهذا اللي هو الـ
«تكنيك» اللي اسمه «Fish» «Plurescence in Cyto
-Hybridization» بفيدني إني أنا على مستوى من متوسط
الحساسية متوسط الدقة من ما بين الـ«Karyotype»
والـ«Whole Genome Sequencing»فهي يعني مبدأ أنا
بهمني أنه تكونوا فاهمينه قضية إنه أنا إذا كنت
أستخدم Micro-satellite أو Fish أو Probe أنا بدور
بطريقة بين إنه أدرس الـChromosome كله والجنوم كله
أو Whole-Genome Sequencing بكون درست بشكل دقيق
كثير إذا ما أخترت الأداء المناسبةيعني هنا حكينا ما
بعرفش كدهش كُلفة الـ… بس لما يكون فيه fluorescence
لهذا الشكل الجهاز، الميكروسكوب، غالي وكُلفته أكبر
أن يكون عندك المواد بتكون أثمن وأغلى إنك تجيبها
يعني تبعت الـKaryotype بقدر عشرين، ثلاثين، أربعين
دينار يعني maximum هدولة نتكلم على بالمئاتبس الـ
Whole Genome Sequencing أبقى أنا لأن بقدر تقريبًا
300، 700 دينار الأردني يعني هيك بيقولونها بس هنا
أغلب كتير من الـ Karyotype بس أحيانًا مفيدة
والواحد يكون حذر في قراءتها هنا برضه الـ Binding
تبع الـ X-Chromosomeوفيه Microarray برضه يعني
أساليب أخرى من المختبرات ممكن هنا يعني حاطين
Genomic Dosage يعني بالأخير هنا بدي يحاول يعطيني
كام نسبة أو عدد الـ Copies منإذا قطعة معينة من الـ
«DNA» بشكل معين ماشي، فالـ… يعني هاي أصبحنا نتكلم
على Microarray يعني أنا بستخدم هنا أداة بتقيص لي
مثلًا خمس، عشر تلاف ممكن تلفميت، أربعميت Nuclear
Base قطعة «DNA»وهنا هذه الـ «تكنيك» عشان أدرس كام
نسخة منها ففيها أحيانًا بيكون عندي «Loss» وأحيانًا
بيكون عندي «Gain» والـ «No Change» بيكون بدرجة
معينة هناك
يعني هذه كلها بنمشي عليها مابديش ندخل بتفاصيلها
ماشي التقنيات
كثيرة وكل ما الإنسان أو الصوان يعني أنا بتأمل إنه
زي الجامعة الإسلامية في قصة أو في خيره يمكن
الجامعة الإسلامية على يعني إنه
الواحد يضع موارد ماليةلمجتمع حتى نجيب كل الأجهزة
وكل الآلات مش ضروري، ماشي؟ فإذا تكلمنا هنا الـ
Incidence of chromosomal anomalies in newborn
surveys لحوالي 70 ألف newborn، هي دراسة في هنا
يعني ملاحظ في دراسة هنا على 70 ألفولادة طبيعية،
يعني بالأخير الجنين وصل إنه ولد، ماشي أحياناً فيه
دراسات كنت أشوفها بيحطوا تقدير نسبة حدوث الطفرات
في اللي هم حتى الـStill Birth أو حتى الـAbortions
أو حتى اللي بتكون فيه الجهاديعني بتكون إنه نتيجة
المشكلة شو اسمه؟ بتلاقي فيه عندنا نسبة أعلى منهم
يعني فيه دراسات بتكون تشمل مش بس الـNewportفاللي
بده يفرجيه بس كملاحظة ومرة ثالثة مش مطلوب الواحد
يحفظ الرقم هذا شيء موجود في أحد الـ «رفيرانس» من
دراسة معينة يعني مش قرآن منزل بقدر ما أنه هو
تقديري وتقريبي ويمكن الله العليم إذا الواحد يشوف
كم من النسب تعطيه فكرة فـ
بالنسبة لفي حوالي 70 ألف ولاد وصلت الشهر التاسع
وولد الطفل بنلاقي إنه All chromosomal anomalies
تقريبًا 1 على الـ145 يعني حطين تقريبًا 0.6%يعني
تقريبًا كل 200، هنا 150 جنين يولد واحد بيكون عنده
خلل ما اسمه؟ في الـ «كروموزومات» على مستوى الـ
«كروموزومات» إنه في بعضهم عبارة عن اختلال في العدد
«انيبلويدي» يعني سواء يعنيحذف أو إضافة أو زيادة أو
كذا بتلاقي بالذات الـ X والـ Y كرموزومات هي أكتر
شيء فيها الشغل يدي طبعاً رقم واحد Unemployed يعني
كاختلال كمان الـ Down Syndrome وغيره واحد
بالسبعمية بيكون في الـ Autosomal chromosomesوفيه
Structural Abnormalities الـ Structural
Abnormality المقصود فيها إنه، Okay كعدد الكرمزومات
سليم ومظبوط بس فيه اختلالات في التركيب وراح ناخد
بعض من بعض إنه مرات يكون عندي نقل من قطعة لقطعة
بحيث إنه المحصقة بتكون يا أما Balanced في الحالة
هذه مايكونش فيه مشكلة في هذا الفرقأو Unbalanced،
بالتالي بتكون مشكلة كبيرة بالذات في قضية الخلف
بعدين وإنه ممكن تنتقل للجيل اللي بعده وتعطينا مرض
شديد فتقريبًا واحد كل 150 جنين طفل يولد بيكون
متوقع إن واحد عنده نوع من الاختلال في
الـChromosomes وهي درجة عالية كثيرأحنا اللي
اتكلمنا قبل شوية عنه اللي هي مواضيع أمراض اللي
بنعتبرها طفرات على مستوى الـNucleotide يعني على
مستوى إشي دقيق كثير لما أن هنا أحنا قطعة
الـChromosome الكبير هذه عادة لازم تكون Balanced
حتى الإنسان يظل عايش يعني لما نحكي المصطلحات
يعني احنا فيه كمان بنبّه راح نتفرج بعدين على اللي
بيسموه الـ «family
pedigree» يعني اللي هي شجرة العيلة كيف نرسمها؟ كيف
نقراها؟ شو المعلومات اللي بدنا نحطها؟ كل ما الواحد
يشوف حالة لازم كطبيب حتى يعني يوثّق الحالة ويكون
مدعا أكبر للنشرويكون الناس تفق في المعلومة اللي
بذكرها لازم على طول يرسم الـ Pedigree تبع العائل
وفي نفس الوقت، لما واحد يشتغل الشغل تبع
الـSequencing أو الـKaryotype أو الأشياء التانية،
الـMicroarrays أو الـFish أو غيره، بده يستخدم
المصطلحات المتفق عليها بالطريقة المتفق عليها
فالـSyn، «سينترومير»، «دل»، «دليشن»، طبعاً
الـExample لما نقول احنالـ Karyotype 46XX هذا الـ
Normal Female Karyotype الـ 46XY Normal Male
Karyotype «سنترومير»، «سنترومير»، «سنترومير»،
«سنترومير»، «سنترومير»، «سنترومير»، «سنترومير»،
«سنترومير»، «سنترومير
الـ Short Arm of Chromosome يعني هذه المصطلحات
اللي «Gain» أو «Loss» أو «Mosaicism» المزاييك يعني
إنه فيه أكتر من شكل في نفس الإنسان، ماشي؟ فهدولة و
الـ Translocation و الـ Robert Stahnel
Translocation Ring Chromosomes
يعني هذه أمثلة على بعض المصطلحات أو الأختصارات
المستخدمة حتى الواحد لما يقرا بعدين أو يشوف الـP
short arm of the chromosome الـQ long arm of the
chromosome الـPaternal origin الـMaternal اللي من
الأم أو من الأب إذا بيفرق من وين أجت القطعةويعني
هنا هم عاملين «Karyotype» على «Fish» على
«Microarray Study» بتلاقي أحيانًا في دراسة حالة
معينة بيحطلك رسمات فيها أشياء زي هيك، ماشي
حكينا في أحيانًا يصير عندي الـNon-disjunction هنا
حاطين أو عملية الـTranslocation أو Isochromosome
أو Troperstein Translocation أو كذا، Duplication
يعني هدولة كلهم اختلالات على مستوى الـDNA ممكن
الانتباه إلها من خلال الـKaryotypeممكن عن طريق
الـFish أو أشياء أقل، بس يعني هاي لإنك تحاول تعمل
Sequencing ما لها معنى، ماشي؟ بدك تشوف، فطبعاً
أهمية هذه النقاط إذا كانت Balanced نفس الإنسان
بيكون يعني طبيعي، عنده التقم كامل من الجينات، تقم
كامل من الـمن المادة الوراثية وبالتالي ما عندهوش
هو مشكلة لأن اللي عنده Balance أما لما يكون نتيجة
بعدين في محاولة يعني قطعة كورموزوم معير انتقلت من
طبقة من محل لمحل فاللي بيصير أنه اللي انتقلت منه
راح يصير أقصر ويصير ناقصواللي فيها زيادة عنده
نسختين أحيانًا نسختين مهمات فلو عند الواحد نسختين
ولو إنه مع نفس المحل بس بيمشي الحال فهسة لما ييجي
هو يتزوج ويريد يخلف بتلاقي إذا كانت النسقة هي اللي
فيها نقص راح يصير إن هذا الجنين لن يعيش إذا كانت
الجميت في الإشي اللي فيه نقص فـودا أوقف هنا ونبدأ
في هذا الـ «سلايد» الأسبوعي في المحاضرة القادمة،
ان شاء الله في أسئلة؟ لحد الآن يعني الموضوع تمام،
إذا كانت في أسئلة يا دكاترة بإمكانك تسأله سواء
بخصوص المحاضرة هذا أو المحاضرة الماضية كمان إن شاء
الله المرات القادمة راح طلعت على «كاب لان» وعلى
الـUSMLE والله يعني في أشياء لسه ما أخذنهاشبس إنه
الواحد يقعد يراجعهم مش غلط وهيصير جزء من الإعداد
للامتحانات إنه نراجعها يعنيبإذن الله، بإذن الله
لأنه، لأنه يا دكتور يعني حتى توجهه لكلية إنه تم
اعتماد وإقرار امتحان «IPhone Basic Science» المهم
الواحد يكون فاهم المبدأ أو الشيء جيد، جيد إن
الطلاب على اللي هو السياحة تبع الامتحان من الآن
نبدأ نراجعها، بس بديش يعني في أحيانًا إجابة
الأسئلة يمكنبتكون أقدر على إنك مع نهاية الـ
«course» تدرسها تكون مريت عليها يعني بتكون أحيانًا
أن أنت الآن شغل أنت ما أخدت راح تاخده بعدين يعني
كمثال محدد لنوع مرض ورافي يعني مثلًا، فاهم عليك؟
آه تمام، إن شاء الله، بإذن الله تعالى الله يوفقكم،
نشوفكم الأسبوع القادم، إن شاء الله، يلا السلام
عليكم يعطيك العافية دكتور