هنا على الصورة هذه، على الخط اللي فوق أول شيء، هنا
عرفنا الصيغة العامة والـ structure العامة للحمض
الأميني إنه بيتكون من جمعة كاربو المركزية مرتبطة
بهيدروجين وارتشين وكاربوكسين وامينوبرونلو جينا
هالخط اللي فوقها على رموز جيت عنه أن أول خط أحمر
فوق اللي هي ال repeat units في عندنا صيغة عاملة
الحمد للأمين في في النص مجموعة carbon من فوق مرتبط
فيها مجموعة هيدروجين من الأسفل مرتبط فيها ال R
group اللي هي ال side chain على اليمين مرتبط فيها
ال C double bond O اللي هي الكربوكسيل group على
اليسارمرتبط فيها N-H اللي هي مجموعة الأمين
الأمينوجروب تمام؟ هي أول حمض أميني جنبه مرتبط فيه
حمض أميني تاني اللي هي الكربونة المركزية وهيدروجين
في الأعلى وR في الأسفل وعلى اليمين كاربوكسيل جروب
وعلى الجمال أمينوجروب هدول مجموعة أحماض أمينية أجت
اترتبت جانب بعض مرتبطة مع بعضها البعض في
بيبتايدبونرابطة بيبتيديا فكونتلي البروتين طب وين
ال peptide bond جاية؟ ال peptide bond أجت ورتبطت
بيهمجموعة كربوكسيل من الحمض الأميني الأول ومجموعة
أمين من الحمض الأميني التاني إذا ملاحظين الحمض
الأميني الأول و الحمض الأميني التاني في بينهم
رابطة هي الرابطة اللي في النص اللي فصلت الحمض
الأميني الأول عن التاني بنسميها peptide bond و
موقعها تيجي بين مجموعة كربوكسيل من حمض أميني
ومجموعة أمين من حمض أميني آخرماش عملة هاي
الـpeptide bond هي المفروض ان الـCOOH الكربوكسيلي
جروب و الـN و الـAmino group NH2 هي بتعمل على نزع
جزء ما تنزع H2O تنزع جزء ما بتاخد من الكربوكسيلي
جروب بتاخد منها OH تبدلها C double bond O و بتاخد
من الـNH2 بتاخد مجموعة هيدروجينفهيك الصراطين
ياخدوا OH من هنا و Hydrogen من هنا يعني H2O اللي
هو جزء ماء فالرابطة البيبتيدية تكون الرابطة
البيبتيدية بينتج عنها خروج ماء وهذا التفاعل يسمى
Condensation Reaction تفاعلات اللي بتنتج عنها خروج
ماء بنسميها Condensation Reaction لأنه كون عنها
جزء ماءإذا انتفاع التكون الرابط البيبتيدية يعتبر
Condensation Reaction لأنه نتج عنه جزيع ماء H2Oطيب
تمام، إذا البروتين بيتكون عن طريق مجموعة أحماض
أمينية ترتبط في روابط بيبتيدية وين بتيجي الرابطة
بين مجموعة كربوكسيل ومجموعة أمين؟ إيش بينتج عنها
خروج ماء، نزع جزء ماء؟ لذلك سمينا التفاعل تكون
رابط البيبتيدية بـ Condensation Reactionاللي جيت
على الأطراف في البروتين في البروتين هذا اللي اتكون
في السلسلة اللي فوق اللي انتوا شايفينها على
الأطراف في حمض أميني فيه مجموعة أمين و group
مرتبطتش بحمض أميني آخر وعلى الطرف من الجهة التانية
من اليمين في عندنا مجموعة حمض أميني فيه مجموعة
Carboxyl مرتبطتش يعني في عندنا مجموعة Carboxyl
free حرة في مجموعة أمين free برضه حرة على الأطراف
بتكونهذه بنسميها مجموعة الأمين الحرة بنسميها
Anterminous Anterminous هو الحمض الأميني الذي
يحتوي على free amino group لم تشارك في تكوين
الرابطة البيبتدية إذا مجموعة الأمين الـ free بتكون
الحرة التي لم تشارك في تكوين الرابطة بنسميها
Anterminousطب و الـ C-terminus .. C-terminus برضه
هي الحمض الأميني اللي يحتوي على free carboxyl
group لم تشارك في تكوين الرابط اللي بيبتديهايعني
بنفهم احنا عند تكول ال protein تيجي مجموعة أحماض
أمينية ترتبط مع بعضها البعض في روابط بيبتيدية وين
بتتكون الروابط البيبتيدية؟ بين Carboxyl group من
حمض أميني أميني group من حمض أميني آخروشو بتعمل
على نزع جزاق ماء؟ بسمّينا التفاعل Condensation
Reaction لأنه بينتج عنه جزاق ماء في مجموعة الأحمض
الأميني هاي بيضل على الأطراف مجموعة أمينو جروب مش
مرتبطة على الطرف من جهة مجموعة كربوكسيل جروب مش
مرتبطة على جهةالمجموعة الكربوكسيلة الحرة اللتي لم
ترتبط ولم تشارك في تكوين الرابطة اللي بيبتديها
بسميها C-terminus ومجموعة ال amino group الحرة ال
free اللتي لم تشارك في تكوين الرابطة بسميها N
-terminus
وانا classification of amino acid according source
تقسيم الأحماض الأمينية بناء على مصدر بيقسموها
لقسمين في عندنا أحماض أمينية أساسية essential
amino acid وفي non-essential amino acid غير ضرورية
أحماض الأمينية الأساسية هي الأحماض اللي بيكون
الجسم غير قادر على تصنيعها لازم تكون موجودة في
الوجبةincapable of forming requests and must be
required in time الجسم غير قادر على تصنيعها و لازم
تكون موجودة في الواجبات، في الأكل اليومي اللي
بيتناوله، فعددها تسعةالـ Non-essential أمينواسد
الغير ضرورية الجسم قادر على تصنيحها بيقدر يصنحها
مش ضروري أني أتأكد أنها موجودة في وجباتي وعددها 11
Non-essential الجسم قادر على تصنيحها Essential
الجسم غير قادر على تصنيحها لازم أتأكد أن أنا
أخدتها عن طريق الوجبات اليومية وعددها 9الـ get non
-essential أكتر 11 يعني صح ولا خطأ إذا حكيت الجسم
قادر على تصنيع معظم الأحماض الأمنية صح الجسم قادر
على تصنيع معظم الأحماض الأمنية اللي هي عددها 11طيب
عندنا أبسط حمض أميني هو simplest and smallest
amino acid هو عبارة عن ال glycine ال glycine هو
أبسط حمض أميني ليش؟ لأنه احنا حكينا كل حمض أميني
يختلف عن التاني بال side chain بال R وال R في ال
glycine هي عبارة عن ذرة هيدروجين فقط عبارة عن H
ذرة هيدروجين فهو بسيط جدا يكون عبارة عن كربونة
مركزية
زرّة هيدروجين من الجهة الأخرى الـ R-group هي عبارة
عن زرّة هيدروجين فهو أبسط حمض أميني لـ glycine أما
الحمض الأمين الشهد الفريد هو البرولين حكينا
البرولين هو الحمض الأمين الوحيد الذي يحتوي على
amino group وليس amino groupماحتويش على مجموعة
بنسميها amino group بإنما بنسميها amino group أو
secondary amino group بنسميها، ليش؟ لأنه بتكون فيه
مجموعة الأمين مرتبطة في الكربون المركزية ومرتبطة
مع الـR، مع الـside chain، مع مجموعة الـside chain
اللي بتكون موجودة، فهي بنسميها amino group مش
amino group
بنجي لتصنيف الأحماض الأمنية بناء على ال polarity
كيف بدي أحدد ال polarity القطبية للأحماض الأمنية؟
من خلال النظر إلى ال sided chain إلى ال R group
هذه مجموعة ال R إيش أجي مكانها؟أول شيء تصنيف
الأحماض الأمينية بناء على الـ polarity تُقسم إلى
قسمين في منها polar قطبية في منها non polar non
polar يعني غير قطبية يعني هي الأحماض الأمينية
تحتوي على C وH في ال side chain فقطالنانبولان هي
الـ amino acid that contains C وH in their side
chain لما أجى أطلع على الاري جروب هاي إيش فيها
بلاقي فيها بس يا ذرات كربون يا هيدروجين أو كربون
وهيدروجينالألاجي في الـ side-chain كربون وهيدروجين
فقط، لا تحتوي أي مجموعة قطبية أخرى، وهي غير قادرة
على تكوين روابط أيونية ولا هيدروجينية ولا قادرة
على كسب أو فقد الإلكترونات، هي الـ non-polar amino
acidتكون تحتوي في الـ sided chain على كاربون
وهيدروجين فقط غير قادر على تكوين روابط هيدروجينية
ولا ايونية ولا قادر على فقد وكسب الالكترونال الجزء
التاني من الأحماض الأمينية هي الـ polar القطبية
القطبية مقسمة لقسمين في منها بتكون قطبية مشحونة
وفي قطبية غير مشحونة يعني في منها polar charged
وفي polar unchargedالـ Bowler سواء كانت charged أو
uncharged الـ side chain بيكون يحتوي على مجموعة
قطبية لو جيتي على الـ R على الـ side chain تطلع
عليه بتلاقي يحتوي على مجموعة قطبية إيش هي
المجموعات القطبية؟ ممكن تكون OH اللي هي Hydroxyl
group هي مجموعة قطبية OH Hydroxyl group معناها C
double bond O اللي هي الكربوني ال groupCWO هي
الكربوني للجروب فهي عندنا الـ sulfhydryl للجروب
الـ sulfhydryl للجروب اللي هي الـSH في عندنا
الأمين للجروب اللي هي الـH2 أمين للجروب هدولة كلهم
مجموعات قطبيةلو شوفتهم في الـ sided chain بعرف إنه
هذا بولا طب هل هو charged ولا uncharged? uncharged
يعني ماعلهوش شحنة لا عليه positive ولا عليه
negative فيه مجموعة قطبية لكن لا هي positive ولا
هي negative طب ليه charged؟ charged معناه إنه
يحتوي على مجموعة قطبية بشحنة إما بتكون الشحنة
positive لـcharged إذا كانت positive يعني باسأو
negative charge يعني أسل، إذا الأحماض الأمنية تقسم
حسب ال polarity إلى polar أو non-polar، non-polar
لا يحتوي على مجموعة قطبيةوإنما يحتوي على بس كربون
وهيدروجين في الـ sided chain طب البولر يحتوي على
مجموعة قطبية إما حكينا هيدروكسيل أو كربونيل أو
sulfahydride أو أمين إجروم هدول المجموعات القطبية
إما تكون uncharged أو charged عليها شحنة أو معلهاش
شحنة
لو جينا نتفرج على الصور الموجودة هان أو على الـ
structure الأحماض الأمنية موجودة هان هذه الصور
مقسمة لأحماض الأمنية لـ polar و non-polar في منها
charged و في منها uncharged، تمام؟ هلجيت؟ لو جينا
على الصورة من فوق لليسار، في عندنا مجموعة، هلجيت؟
أنا كيف بتعرف polar ولا non-polar، حاجة هنا؟ نتطلع
على الـside chain، على القعر اللي بتكون في الأسفل،
هي الملونةلجيت أول حمض أمين لو جينا تطلعنا بنلاقي
الـR هي عبارة عن أتش عن هيدروجين حكينا اللي بيكون
عنده الـR الـR group عبارة عن هيدروجين أو كربونا
أو الاتنين مع بعض بيكون non-polarفهذه المجموعة
كلها الجزء اللي فار من اليسار هي non-polar amino
acid لأن الـR group تحتوي على كربون وهيدروجين فقط،
تمام؟ الجتلة تحت منها على اليسار للأسفل لو طلعنا
على الـR group اللي تحت بنلاقيها تحتوي على مجموعة
قطبية تحتوي على مجموعة قطبيةفي منها بتحتوي على
هيدروكسيل جروب في منها بتحتوي على أمين جروب في
منها بتحتوي على صلفهيدرال جروب S-H المهم كلهم في
الـR group يحتوي على واحدة من المجموعات القطرية
يعني الأول يحتوي OH، التاني OH، التالت الستين
يحتوي على SH، self-hydraulic group يعني فيه إنه
مجموعات قطبية، يبقى هو polar طب هل عليه شحنة؟ لأ
فيش شحنات ولا موجم ولا سائل، إذا هو polar
uncharged R groupBowler Uncharged Amino Acid لو
جينا على جهة اليمين للأسفل، المجمعتين اللي في
الأسفل، بنلاقي إن فيهم في الـR group، في عندهم
مجموعات قطبية أغلبهم عندهم أمينوجروب أو Carboxyl
groupCarbonyl group Amino group او Carbonyl group
هدول مجموعات قطبية يبقى polar لكن عليهم شحنات اللي
في الأسفل عليهم شحنة سالمة و اللي في الأعلى عليهم
شحنة موجبة فبنسميها negatively charged polar و في
positively charged polar أما اللي فاض هدولة
aromatic لأنه بيحتووا على حلقة إذا كان عندى حمض
أمين يحتو على حلقة بنسميه aromaticلو جينا في هذه
الصورة بس عشان نرجع لقى اللي قبل حكيناها عشان
تفهموه أكتر لو جيتوا على البرولين البرولين موجود
في .. على الجهة اليسار في الأسفل في أن حمض الأمين
مكتوب تحته برولين طلعوا على الاري جروب إله بنلاقي
إنه الاري جروبعمل حلقة مع الـ Amino group يعني
عندك ضارة الكربون في النص و فوق مرتبط فيها كربوكسي
لـ group COO و من الجانب ضارة هيدروجين و على
الأسفل المفروض أن الـ R group من الجانب الـ Amino
groupالـ Amino Group هاي مرتبطة مع الـ R مش حرة زي
الباقي الأحماض الأمينية لو طلعت على كل الأحماض
الأمينية بنلاقي الـ NH2 هاي أو الـ NH3 Plus اللي
هي الـ Amino Group حرة بس مرتبطة مع الكربونة
المرجزيةإلا في حالة البروتين، في حالة البرولين
مرتبطة مع الكربونة المركزية ومرتبطة كمان مع الـR،
مع الـside chain عشان هيك سميناها amino group أو
secondary amino group مش primary amino group فهو
الحمض الأميني الشاد
لمّا نشتغل العمل ان شاء الله راح نسير نكتب تقرير
نكتب report تقرير عن المعمل اللي احنا اشتغلناه ده
نكتب فيه اسم الفحص، الهدف منه، المبدأ العام، خطوات
إجارة التجربة، نكتب النتيجة ونكتب تعليق عليها كمّة