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app.py
CHANGED
@@ -1,13 +1,78 @@
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import os
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import gradio as gr
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import torch
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import cv2
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import numpy as np
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from preprocess import unsharp_masking
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# Caminho absoluto para a pasta de salvamento
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9 |
caminho_salvar_resultado = "/Segmento_de_Angio_Coronariana_v5/Salvar Resultado"
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# Carregar modelos pré-treinados
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models = {
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'SE-RegUNet 4GF': torch.jit.load('./model/SERegUNet4GF.pt'),
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@@ -18,120 +83,54 @@ models = {
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18 |
'UNet3+': torch.jit.load('./model/UNet3plus.pt'),
|
19 |
}
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-
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-
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27 |
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def
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-
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30 |
-
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31 |
-
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32 |
-
#
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-
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34 |
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35 |
-
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36 |
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37 |
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41 |
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42 |
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43 |
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44 |
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45 |
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46 |
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47 |
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49 |
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50 |
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51 |
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52 |
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53 |
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54 |
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55 |
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56 |
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57 |
-
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58 |
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59 |
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61 |
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62 |
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63 |
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64 |
-
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65 |
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66 |
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67 |
-
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68 |
-
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69 |
-
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70 |
-
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71 |
-
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72 |
-
# Realize a inferência do modelo sem gradientes
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73 |
-
with torch.no_grad():
|
74 |
-
if modelo == 'AngioNet':
|
75 |
-
img = torch.cat([img, img], dim=0)
|
76 |
-
logit = np.round(torch.softmax(pipe.forward(img), dim=1).detach().cpu().numpy()[0, 0]).astype(np.uint8)
|
77 |
-
|
78 |
-
# Calcule o tempo decorrido
|
79 |
-
spent = time.time() - start
|
80 |
-
spent = f"{spent:.3f} segundos"
|
81 |
-
|
82 |
-
# Redimensione o resultado, se necessário
|
83 |
-
if h != 512 or w != 512:
|
84 |
-
logit = cv2.resize(logit, (h, w))
|
85 |
-
|
86 |
-
# Converta o resultado para um formato booleano
|
87 |
-
logit = logit.astype(bool)
|
88 |
-
|
89 |
-
# Crie uma cópia da imagem original para saída e aplique a máscara
|
90 |
-
img_out = ori.copy()
|
91 |
-
img_out[logit, 0] = 255
|
92 |
-
|
93 |
-
# Salve o resultado em um arquivo se a opção estiver ativada
|
94 |
-
if salvar_resultado:
|
95 |
-
nome_arquivo = os.path.join(caminho_salvar_resultado, f'resultado_{int(time.time())}.png')
|
96 |
-
cv2.imwrite(nome_arquivo, img_out)
|
97 |
-
|
98 |
-
return spent, img_out
|
99 |
-
|
100 |
-
except Exception as e:
|
101 |
-
# Em caso de erro, retorne uma mensagem de erro
|
102 |
-
return str(e), None
|
103 |
-
|
104 |
-
def main():
|
105 |
-
num_analises = 0
|
106 |
-
|
107 |
-
# Criar interface Gradio
|
108 |
-
my_app = gr.Interface(
|
109 |
-
fn=processar_imagem_de_entrada_wrapper,
|
110 |
-
inputs=[
|
111 |
-
gr.inputs.Image(label="Angiograma:", shape=(512, 512)),
|
112 |
-
gr.inputs.Dropdown(['SE-RegUNet 4GF','SE-RegUNet 16GF', 'AngioNet', 'EffUNet++ B5', 'Reg-SA-UNet++', 'UNet3+'], label='Modelo', default='SE-RegUNet 4GF'),
|
113 |
-
gr.inputs.Checkbox(label="Salvar Resultado"),
|
114 |
-
],
|
115 |
-
outputs=[
|
116 |
-
gr.outputs.Label(label="Tempo decorrido"),
|
117 |
-
gr.outputs.Image(type="numpy", label="Imagem de Saída"),
|
118 |
-
gr.outputs.Label(label="Possui Doença?"),
|
119 |
-
gr.outputs.Label(label="Explicação"),
|
120 |
-
gr.outputs.Label(label="Análises Realizadas"),
|
121 |
-
],
|
122 |
-
title="Segmentação de Angiograma Coronariano",
|
123 |
-
description="Esta aplicação segmenta angiogramas coronarianos usando modelos de segmentação pré-treinados.",
|
124 |
-
theme="default",
|
125 |
-
layout="vertical",
|
126 |
-
allow_flagging=False,
|
127 |
-
)
|
128 |
-
|
129 |
-
# Iniciar interface Gradio
|
130 |
-
my_app.launch()
|
131 |
-
|
132 |
-
# Criar uma pasta para salvar os resultados
|
133 |
-
if not os.path.exists(caminho_salvar_resultado):
|
134 |
-
os.makedirs(caminho_salvar_resultado)
|
135 |
-
|
136 |
-
if __name__ == "__main__":
|
137 |
-
main()
|
|
|
1 |
import os
|
2 |
+
os.environ["CUDA_DEVICE_ORDER"] = "PCI_BUS_ID"
|
3 |
+
|
4 |
import gradio as gr
|
5 |
import torch
|
6 |
import cv2
|
7 |
import numpy as np
|
8 |
from preprocess import unsharp_masking
|
9 |
+
import time
|
10 |
+
from sklearn.cluster import KMeans
|
11 |
+
import os
|
12 |
+
|
13 |
+
device = "cuda" if torch.cuda.is_available() else "cpu"
|
14 |
+
|
15 |
+
# Função para ordenar e pré-processar a imagem de entrada
|
16 |
+
def ordenar_e_preprocessar_imagem(img, modelo):
|
17 |
+
ori = img.copy()
|
18 |
+
img = cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_BGR2GRAY)
|
19 |
+
h, w = img.shape
|
20 |
+
img_out = preprocessar_imagem(img, modelo)
|
21 |
+
return img_out, h, w, img, ori
|
22 |
+
|
23 |
+
# Função para pré-processar a imagem com base no modelo selecionado
|
24 |
+
def preprocessar_imagem(img, modelo='SE-RegUNet 4GF'):
|
25 |
+
# Redimensionar a imagem para 512x512
|
26 |
+
img = cv2.resize(img, (512, 512))
|
27 |
+
|
28 |
+
# Normalizar a imagem
|
29 |
+
img = img.astype(np.float32)
|
30 |
+
img = (img - img.min()) / (img.max() - img.min() + 1e-6)
|
31 |
+
|
32 |
+
# Aplicar o CLAHE
|
33 |
+
if modelo == 'SE-RegUNet 4GF':
|
34 |
+
img = cv2.createCLAHE(clipLimit=2.0, tileGridSize=(8, 8)).apply(img)
|
35 |
+
|
36 |
+
return img
|
37 |
+
|
38 |
+
|
39 |
+
import os
|
40 |
|
41 |
# Caminho absoluto para a pasta de salvamento
|
42 |
caminho_salvar_resultado = "/Segmento_de_Angio_Coronariana_v5/Salvar Resultado"
|
43 |
|
44 |
+
# Função para processar a imagem de entrada
|
45 |
+
def processar_imagem_de_entrada(img, modelo, pipe):
|
46 |
+
"""
|
47 |
+
Processa uma imagem de entrada usando um modelo de segmentação pré-treinado.
|
48 |
+
|
49 |
+
Args:
|
50 |
+
img: Imagem de entrada (numpy array).
|
51 |
+
modelo: Modelo de segmentação.
|
52 |
+
pipe: Pipe de inferência do modelo.
|
53 |
+
|
54 |
+
Returns:
|
55 |
+
Tempo decorrido e imagem de saída.
|
56 |
+
"""
|
57 |
+
|
58 |
+
# Pré-processe a imagem
|
59 |
+
img, h, w = ordenar_e_preprocessar_imagem(img, modelo)
|
60 |
+
|
61 |
+
# Execute a inferência do modelo
|
62 |
+
with torch.no_grad():
|
63 |
+
logit = pipe(img.unsqueeze(0).to(device))[0].argmax(dim=1).cpu().numpy()
|
64 |
+
|
65 |
+
# Redimensione o resultado, se necessário
|
66 |
+
if h != 512 or w != 512:
|
67 |
+
logit = cv2.resize(logit, (h, w))
|
68 |
+
|
69 |
+
# Crie a imagem de saída
|
70 |
+
img_out = img.copy()
|
71 |
+
img_out[logit] = 255
|
72 |
+
|
73 |
+
return f"{time.time() - start:.3f} segundos", img_out
|
74 |
+
|
75 |
+
|
76 |
# Carregar modelos pré-treinados
|
77 |
models = {
|
78 |
'SE-RegUNet 4GF': torch.jit.load('./model/SERegUNet4GF.pt'),
|
|
|
83 |
'UNet3+': torch.jit.load('./model/UNet3plus.pt'),
|
84 |
}
|
85 |
|
86 |
+
from scipy.spatial import distance
|
87 |
+
from scipy.ndimage import label
|
88 |
+
import numpy as np
|
89 |
+
import numpy as np
|
90 |
+
import cv2
|
91 |
+
from sklearn.cluster import KMeans
|
92 |
|
93 |
+
def processar_imagem_de_entrada_wrapper(img, modelo, salvar_resultado=False):
|
94 |
+
model = models[modelo]
|
95 |
+
resultado, img_out = processar_imagem_de_entrada(img, model)
|
96 |
+
|
97 |
+
# Extração de características dos clusters
|
98 |
+
kmeans = KMeans(n_clusters=2, random_state=0)
|
99 |
+
kmeans.fit(img_out[:, :, 0].reshape((-1, 1)))
|
100 |
+
labels = kmeans.labels_
|
101 |
+
cluster_centers = kmeans.cluster_centers_
|
102 |
+
|
103 |
+
# Detecção de doença
|
104 |
+
has_disease = any(cluster_centers[i][0] < 0.3 for i in range(2))
|
105 |
+
|
106 |
+
# Resultado
|
107 |
+
status_doenca = "Sim" if has_disease else "Não"
|
108 |
+
explanation = "A máquina detectou uma possível doença nos vasos sanguíneos." if has_disease else "A máquina não detectou nenhuma doença nos vasos sanguíneos."
|
109 |
+
|
110 |
+
return resultado, img_out, status_doenca, explanation
|
111 |
+
|
112 |
+
# Inicializar a contagem de análises
|
113 |
+
num_analises = 0
|
114 |
+
|
115 |
+
# Criar a interface Gradio
|
116 |
+
# Criar a interface Gradio
|
117 |
+
my_app = gr.Interface(
|
118 |
+
fn=processar_imagem_de_entrada_wrapper,
|
119 |
+
inputs=[
|
120 |
+
gr.inputs.Image(label="Angiograma:", shape=(512, 512)),
|
121 |
+
gr.inputs.Dropdown(['SE-RegUNet 4GF','SE-RegUNet 16GF', 'AngioNet', 'EffUNet++ B5', 'Reg-SA-UNet++', 'UNet3+'], label='Modelo', default='SE-RegUNet 4GF'),
|
122 |
+
],
|
123 |
+
outputs=[
|
124 |
+
gr.outputs.Label(label="Tempo decorrido"),
|
125 |
+
gr.outputs.Image(type="numpy", label="Imagem de Saída"),
|
126 |
+
gr.outputs.Label(label="Possui Doença ou não"),
|
127 |
+
],
|
128 |
+
title="Segmentação de Angiograma Coronariano",
|
129 |
+
description="Esta aplicação segmenta angiogramas coronarianos usando modelos de segmentação pré-treinados.",
|
130 |
+
theme="default",
|
131 |
+
layout="vertical",
|
132 |
+
allow_flagging=False,
|
133 |
+
)
|
134 |
+
|
135 |
+
# Iniciar a interface Gradio
|
136 |
+
my_app.launch()
|
|
|
|
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