johnometalman commited on
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  1. .gitattributes +5 -6
  2. README.md +4 -5
  3. app.py +105 -0
  4. requirements.text +0 -1
  5. requirements.txt +5 -0
.gitattributes CHANGED
@@ -2,13 +2,11 @@
2
  *.arrow filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
3
  *.bin filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
4
  *.bz2 filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
5
- *.ckpt filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
6
  *.ftz filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
7
  *.gz filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
8
  *.h5 filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
9
  *.joblib filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
10
  *.lfs.* filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
11
- *.mlmodel filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
12
  *.model filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
13
  *.msgpack filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
14
  *.npy filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
@@ -16,20 +14,21 @@
16
  *.onnx filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
17
  *.ot filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
18
  *.parquet filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
19
- *.pb filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
20
  *.pickle filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
21
  *.pkl filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
 
22
  *.pt filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
23
  *.pth filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
24
  *.rar filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
25
- *.safetensors filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
26
  saved_model/**/* filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
27
  *.tar.* filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
28
- *.tar filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
29
  *.tflite filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
30
  *.tgz filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
31
  *.wasm filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
32
  *.xz filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
33
  *.zip filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
34
- *.zst filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
35
  *tfevents* filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
 
 
 
 
2
  *.arrow filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
3
  *.bin filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
4
  *.bz2 filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
 
5
  *.ftz filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
6
  *.gz filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
7
  *.h5 filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
8
  *.joblib filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
9
  *.lfs.* filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
 
10
  *.model filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
11
  *.msgpack filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
12
  *.npy filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
 
14
  *.onnx filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
15
  *.ot filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
16
  *.parquet filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
 
17
  *.pickle filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
18
  *.pkl filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
19
+ *.pb filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
20
  *.pt filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
21
  *.pth filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
22
  *.rar filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
 
23
  saved_model/**/* filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
24
  *.tar.* filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
 
25
  *.tflite filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
26
  *.tgz filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
27
  *.wasm filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
28
  *.xz filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
29
  *.zip filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
30
+ *.zstandard filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
31
  *tfevents* filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
32
+ dientes_1.png filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
33
+ dientes_2.png filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
34
+ dientes_3.png filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
README.md CHANGED
@@ -1,13 +1,12 @@
1
  ---
2
  title: Dientes
3
- emoji:
4
- colorFrom: blue
5
- colorTo: gray
6
  sdk: streamlit
7
- sdk_version: 1.41.1
8
  app_file: app.py
9
  pinned: false
10
- license: mit
11
  ---
12
 
13
  Check out the configuration reference at https://huggingface.co/docs/hub/spaces-config-reference
 
1
  ---
2
  title: Dientes
3
+ emoji: 🌍
4
+ colorFrom: red
5
+ colorTo: red
6
  sdk: streamlit
7
+ sdk_version: 1.10.0
8
  app_file: app.py
9
  pinned: false
 
10
  ---
11
 
12
  Check out the configuration reference at https://huggingface.co/docs/hub/spaces-config-reference
app.py ADDED
@@ -0,0 +1,105 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ import streamlit as st
2
+ from PIL import Image
3
+ import numpy as np
4
+ import cv2
5
+ from huggingface_hub import from_pretrained_keras
6
+
7
+ st.header("Segmentación de dientes con rayos X")
8
+
9
+ st.subheader("Este es una iteración para bucar mejorar el demo")
10
+
11
+ st.markdown(
12
+ """
13
+ Este es un demo prueba para la clase de Platzi
14
+ """
15
+ )
16
+
17
+ ## Seleccionamos y cargamos el modelo
18
+ model_id = "SerdarHelli/Segmentation-of-Teeth-in-Panoramic-X-ray-Image-Using-U-Net"
19
+ model = from_pretrained_keras(model_id)
20
+
21
+ ## Permitimos a la usuaria cargar una imagen
22
+ archivo_imagen = st.file_uploader("Sube aquí tu imagen.", type=["png", "jpg", "jpeg"])
23
+
24
+ ## Si una imagen tiene más de un canal entonces se convierte a escala de grises (1 canal)
25
+ def convertir_one_channel(img):
26
+ if len(img.shape) > 2:
27
+ img = cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_BGR2GRAY)
28
+ return img
29
+ else:
30
+ return img
31
+
32
+
33
+ def convertir_rgb(img):
34
+ if len(img.shape) == 2:
35
+ img = cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_GRAY2RGB)
36
+ return img
37
+ else:
38
+ return img
39
+
40
+
41
+ ## Manipularemos la interfaz para que podamos usar imágenes ejemplo
42
+ ## Si el usuario da click en un ejemplo entonces el modelo correrá con él
43
+ ejemplos = ["dientes_1.png", "dientes_2.png", "dientes_3.png"]
44
+
45
+ ## Creamos tres columnas; en cada una estará una imagen ejemplo
46
+ col1, col2, col3 = st.columns(3)
47
+ with col1:
48
+ ## Se carga la imagen y se muestra en la interfaz
49
+ ex = Image.open(ejemplos[0])
50
+ st.image(ex, width=200)
51
+ ## Si oprime el botón entonces usaremos ese ejemplo en el modelo
52
+ if st.button("Corre este ejemplo 1"):
53
+ archivo_imagen = ejemplos[0]
54
+
55
+ with col2:
56
+ ex1 = Image.open(ejemplos[1])
57
+ st.image(ex1, width=200)
58
+ if st.button("Corre este ejemplo 2"):
59
+ archivo_imagen = ejemplos[1]
60
+
61
+ with col3:
62
+ ex2 = Image.open(ejemplos[2])
63
+ st.image(ex2, width=200)
64
+ if st.button("Corre este ejemplo 3"):
65
+ archivo_imagen = ejemplos[2]
66
+
67
+ ## Si tenemos una imagen para ingresar en el modelo entonces
68
+ ## la procesamos e ingresamos al modelo
69
+ if archivo_imagen is not None:
70
+ ## Cargamos la imagen con PIL, la mostramos y la convertimos a un array de NumPy
71
+ img = Image.open(archivo_imagen)
72
+ st.image(img, width=850)
73
+ img = np.asarray(img)
74
+
75
+ ## Procesamos la imagen para ingresarla al modelo
76
+ img_cv = convertir_one_channel(img)
77
+ img_cv = cv2.resize(img_cv, (512, 512), interpolation=cv2.INTER_LANCZOS4)
78
+ img_cv = np.float32(img_cv / 255)
79
+ img_cv = np.reshape(img_cv, (1, 512, 512, 1))
80
+
81
+ ## Ingresamos el array de NumPy al modelo
82
+ predicted = model.predict(img_cv)
83
+ predicted = predicted[0]
84
+
85
+ ## Regresamos la imagen a su forma original y agregamos las máscaras de la segmentación
86
+ predicted = cv2.resize(
87
+ predicted, (img.shape[1], img.shape[0]), interpolation=cv2.INTER_LANCZOS4
88
+ )
89
+ mask = np.uint8(predicted * 255) #
90
+ _, mask = cv2.threshold(
91
+ mask, thresh=0, maxval=255, type=cv2.THRESH_BINARY + cv2.THRESH_OTSU
92
+ )
93
+ kernel = np.ones((5, 5), dtype=np.float32)
94
+ mask = cv2.morphologyEx(mask, cv2.MORPH_OPEN, kernel, iterations=1)
95
+ mask = cv2.morphologyEx(mask, cv2.MORPH_CLOSE, kernel, iterations=1)
96
+ cnts, hieararch = cv2.findContours(mask, cv2.RETR_TREE, cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)
97
+ output = cv2.drawContours(convertir_one_channel(img), cnts, -1, (255, 0, 0), 3)
98
+
99
+ ## Si obtuvimos exitosamente un resultadod entonces lo mostramos en la interfaz
100
+ if output is not None:
101
+ st.subheader("Segmentación:")
102
+ st.write(output.shape)
103
+ st.image(output, width=850)
104
+
105
+ st.markdown("Gracias por usar nuestro demo! Nos vemos pronto")
requirements.text DELETED
@@ -1 +0,0 @@
1
- streamlit
 
 
requirements.txt ADDED
@@ -0,0 +1,5 @@
 
 
 
 
 
 
1
+ numpy
2
+ Pillow
3
+ scipy
4
+ opencv-python
5
+ tensorflow