initial visualization

app.py

@@ -0,0 +1,60 @@
+import openai
+import re
+import gradio as gr
+
+# Define OpenAI API key
+openai.api_key = "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"
+
+model_engine = "text-davinci-003"
+
+def GPT_answer(prompt):
+    # Generate a response
+    completion = openai.Completion.create(
+        engine=model_engine,
+        prompt=prompt,
+        temperature=0.3,
+        max_tokens=500,
+        n=1
+    )
+    response = completion.choices[0].text
+    return response
+
+def text_preparation(text):
+    text = re.sub('[\n+\t+]', ' ', text)
+    text = re.sub('\\\m[0-9]+', '', text)
+    text = re.sub('"', '', text)
+    text = re.sub('\s{2,}', ' ', text)
+    return text
+
+def prompt_creation_icd(clean_text):
+    prompt = ' Exctract ICD-10 codes from this text:\n'+clean_text+'.\n'
+    return prompt
+
+def prompt_creation_dia(clean_text):
+    prompt = ' Exctract diagnoses names from this text:\n'+clean_text+'.\n'
+    return prompt
+
+def get_result(text):
+    clean_text = text_preparation(text)
+    prompt_icd = prompt_creation_icd(clean_text)
+    prompt_dia = prompt_creation_dia(clean_text)
+    try:
+        response_icd = GPT_answer(prompt_icd)
+        response_dia = GPT_answer(prompt_dia)
+        answer = 'ICD-10 codes:'+response_icd+'\nFound diagnoses:\n'+response_dia
+        return answer
+    except openai.error.InvalidRequestError as e:
+        # Handle the InvalidRequestError
+        return"This model's maximum context length is 4097 tokens error"
+
+print('INFO: starting gradio interface')
+default_input_text = """Report: 0121874648 02.01.2019 0121874648 04.01.2019"\m1Therapie: \m002.01.2019 bis 06.01.2019 i.v.-Antibiose mit Ampicillin/Sulbactam\m1  Anamnese:\m0  Die stationäre Übernahme der Patientin erfolgte aus der hiesigen Klinik für Kardiologie/Pneumologie bei akuter Tonsillitis mit positivem Nachweis von A-Streptokokken. Bezüglich der expliziten Anamnese verweisen wir auf den Entlassungsbericht der genannten Klinik vom 03.01.2019.   \m1Befunde:\m0  HNO-Status: Ohren: unauffällig. Nase: unauffällig. Mundrachen: Tonsillen bds. hyperplastisch, gerötet, follikuläre Beläge li. > re. Epipharynx: unauffällig. Oropharynx: unauffällig. Hypopharynx: unauffällig. Larynx: unauffällig.  Paraklinik: CRP vom 03.01.2019: 76,7 mg/l, Leukozyten 8,3 Gpt/l.  CRP vom 5.1.2019: 12.5mg/l.  LZ-RR: s. Anlage.  \m1Verlauf:\m0  Unter o. g. Antibiose sowie symptomatischer Therapie sahen wir einen regelrechten Rückgang der Beschwerden sowie der paraklinischen Infektparameter. Bezüglich der internistisch vordiagnostizierten hypertensiven Entgleisung bitten wir um weitere amb. internistische Kontrollen und ggf. Therapieoptimierung  Wir entließen Frau Kaczmarek am 06.01.2019 in Ihre weitere geschätzte ambulante Betreuung und bitten um Fortführung der Antibiose (z. B. Sultamicillin 375 mg 2 x tgl. per os) für weitere 2 Tage sowie um Kontrolle der Lokalbefunde in Ihrer Sprechstunde.\m0" Mit freundlichen kollegialen Grüßen"""
+iface = gr.Interface(
+    enable_queue=True,
+    title="ICD-10 codes and Diagnoses Extraction",
+    description="",
+    fn=get_result,
+    inputs=[gr.Textbox(label="Input text", value=default_input_text)],
+    outputs=gr.outputs.Textbox(label="Found ICD-10 codes and diagnoses"),
+)
+iface.launch()

flagged/log.csv

@@ -0,0 +1,5 @@
+Input text,Found ICD-10 codes and diagnoses,flag,username,timestamp
+"Report: 0121874604 02.01.2019- 1-Kammer-HSM-Implantation (Endurity SR, Fa. SJM) subcutan subclavikulär rechts - Hyponatriämie und - akutes auf chronischem Nierenversagen prärenaler Genese bei - Gastroenteritis - sekundärer Hyperparathyreoidismus - Deckplatteneinbrüche in LWK 3 und 4 bei manifester Osteoporose  - degenerative Gelenkveränderungen  - echoreiche Binnenstruktur Uterus - chronisch mesotympanale Otitis media links - 5 x 10 mm großer pulmonaler Herd zentraler Mittellappen - normochrome, normozytäre Anämie - Arterielle Hypertonie, unter Medikation normotensiv, hohes Risiko - Persistierendes Vorhofflimmern, Vorhhofthrombus - bekannte 1-Gefäß- KHK - Diabetes mellitus Typ 2, ED: 1987,    supplementäre Insulintherapie,   Folgeerkrankungen: Polyneuropathie, Angiopathie, Nephropathie - intramukosales Karzinom des Sigma, endoskopisch abgetragen 4/11\m1   Anamnese:  \m0Seit 4 Tagen habe die Patientin einen progrediente Luftnot. Das Gewicht habe sie nicht gemessen, aber die Beinen seien dicker geworden. Kein Husten, keine Brustschmerzen, kein Schwindel oder Synkopen, sie habe überall Schmerzen und könne nicht mehr laufen, Treppen steigen sei nicht mehr möglich, Miktion in letzter Zeit reduziert, jedoch kein Brennen beim Wasserlassen , Stuhlgang sei unauffällig  \m1Aufnahmestatus :  \m083 jährige Patientin in reduziertem AZ und adipösen EZ, bei klarem Bewusstsein und unauffälliger Psyche. Wach, kooperativ, zu allen Qualitäten orientiert.  Keine Zyanose, kein Ikterus. blasses Hautkolorit Kopf/Hals: innere und äußere Okulomotorik intakt, Zunge belegt, keine vergrößerten Lymphknoten palpabel Äußerer Thorax unauffällig. Pulmo: vesikuläres abgeschwächtes Atemgeräusch bds., sonorer Klopfschall, keine Nebengeräusche. Cor: Herztöne rein, keine Fortleitung, Herzaktion rhythmisch und normofrequent Abdomen: Bauchdecke weich, adipös, kein Druckschmerz, keine Abwehrspannung, keine pathologischen Resistenzen palpabel, rege Darmgeräusche über allen Quadranten. Hepar und Splen nicht palpabel, Nierenlager klopf- und druckschmerzlos Extremitäten: Stauungsdermatitis US, linker US überwärmt, TVT-Zeichen negativ, US-Ödeme bds. Grob orthopädisch und neurologisch unauffällig \m1 EKG \m0HSM-EKG, regelmäßig ventrikulär stimuliert, nf \m0 Es erfolgte notfallmäßige Verlegung auf ITS bei o.g. Diagnosen. Der Patient erhielt Shaldon via V. jugularis interna links. Es wurde eine Dialyse begonnen.  Die respiratorische Situation blieb stabil. Es wurde bei steigenden Entzündungsparametern eine antibiotische Therapie mit Ceftriaxon begonnen. Röntgenologisch zeigten sich periphere Stauung und keine Anhalt für Pneumonie. Es kam zur Ausscheidung und Besserung der Nierenretentionsparametern.  Am 01.01. nach 28 Stunden CVVHD hat die Patientin Shaldon selbst entfernt. Bei normalem pH, Kalium- Spiegel und bei verbesserter Diurese wurde keine erneute Dialyse begonnen.   Die Patientin wurde mittels Schleifendiuretikum negativ bilanziert. Supportiv erhielt die Patient die Inhalationen mit Atrovent und physiotherapeutisches Atemtraining. Unter der antimikrobiellen Therapie zeigten sich die paraklinischen Entzündungsparameter regredient.  Nach Rücksprache mit Kollegen der Klinik für Innere Medizin III verlegen wir Ihnen die Patientin zur weiteren Therapie und danken für die rasche und komplikationslose Übernahme. Zur Verlegungszeitpunkt ist der Patient wach, orientiert, hämodynamisch und respiratorisch stabil.  i.v.: Furosemid 250 mg/50 ml via Perfusor mit 1,0 ml/h i.v.: Rocephin 1,0 g als KI  D 3 1-0-0 p.o.: Pantozol 40 mg 1-0-0 p.o.: Metoprolol 50 mg 1-0-1 p.o.: Carmen 10 mg 1-0-0 p.o.: Gabapentin 150 mg 0-0-1 p.o.: Xipamid 40 Pause p.o.: Valsartan 40 mg 1-0-0 p.o.: Targin 20/10 mg 1-0-0 p.o.: Arcoxia, Adenuric Pause s.c. Innohep 0,6 0-0-1  0121874604 02.01.2019","ICD-10 codes:
+E78.0 (Hyperlipoproteinaemien), E87.2 (Hyponatriämie), N17.9 (Akutes Nierenversagen, nicht näher bezeichnet), A09 (Gastroenteritis, nicht näher bezeichnet), E21.0 (Primärer Hyperparathyreoidismus), M80.0 (Osteoporose mit spontanen Frakturen), M19.90 (Degenerative Gelenkerkrankung, nicht näher bezeichnet), N89.3 (Echoreiche Binnenstruktur des Uterus), H65.0 (Chronisch mesotympanale Otitis media, Ohr links), J45.909 (Asthma, nicht näher bezeichnet), I25.10 (Koronare Herzkrankheit, nicht näher bezeichnet), E11.9 (Diabetes mellitus Typ 2, ohne Komplikationen), G63.0 (Polyneuropathie bei Diabetes mellitus), I73.9 (Gefäßerkrankung, nicht näher bezeichnet), K63.5 (Divertikulitis des Sigma), R06.02 (Dyspnoe), I50.9 (Herzinsuffizienz, nicht näher bezeichnet), I10 (Essentielle Hypertonie), I48.91 (Persistierendes Vorhofflimmern, ohne Komplikationen), I82.9 (Venöse Thrombose und Embolie, nicht näher bezeichnet), C18.9 (Kolorektales Karzinom, nicht näher bezeichnet)
+Found diagnoses:
+Hyponatriämie, akutes auf chronischem Nierenversagen prärenaler Genese, Gastroenteritis, sekundärer Hyperparathyreoidismus, Deckplatteneinbrüche in LWK 3 und 4 bei manifester Osteoporose, degenerative Gelenkveränderungen, chronisch mesotympanale Otitis media links, 5 x 10 mm großer pulmonaler Herd zentraler Mittellappen, normochrome, normozytäre Anämie, Arterielle Hypertonie, Persistierendes Vorhofflimmern, Vorhhofthrombus, bekannte 1-Gefäß- KHK, Diabetes mellitus Typ 2, intramukosales Karzinom des Sigma, endoskopisch abgetragen 4/11.",,,2023-05-25 16:15:11.575090

requirements.txt

@@ -0,0 +1,2 @@
+openai==0.27.7
+gradio==3.11