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license: cc-by-nc-sa-4.0
language:
  - ja
tags:
  - medical

日本語医療固有表現抽出モデル

概要

ソーシャル・コンピューティング研究室さまより公開されているMedTxt-CRを用いて、alabniiさまより公開されているRoBERTaをfine-tuningした固有表現抽出モデルです。

文中のトークンに対して以下のいずれかのタグをIOB2形式で付与します (PositiveやNegativeなどの事実性が同時に付与されるタグもあります)。詳細はこちらをご覧ください。

病名/症状: d
臓器/部位: a
特徴/尺度: f
変化: c
時間表現: TIMEX3
検査名: t-test
検査項目: t-key
検査値: t-val
薬品名: m-key
薬品値: m-val
処置: r
クリニカルコンテキスト: cc
保留: p
Outside: O

fine-tuning時のハイパーパラメータ

learning rate: 1e-5
batch size: 32
optimizer: AdamW
scheduler: linear
epochs: 78
max seq: 500

使用方法

入力は文単位で出力はIOB2系列です。

1

from transformers import BertForTokenClassification, AutoModel, AutoTokenizer
import mojimoji
import torch
text = "サンプルテキスト"
model_name = "daisaku-s/medtxt_ner_roberta"
with torch.inference_mode():
    model = BertForTokenClassification.from_pretrained(model_name).eval()
    tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained(model_name)
    idx2tag = model.config.id2label
    vecs = tokenizer(mojimoji.han_to_zen(text), 
                     padding=True, 
                     truncation=True, 
                     return_tensors="pt")
    ner_logits = model(input_ids=vecs["input_ids"], 
                       attention_mask=vecs["attention_mask"])
    idx = torch.argmax(ner_logits.logits, dim=2).detach().cpu().numpy().tolist()[0]
    token = [tokenizer.convert_ids_to_tokens(v) for v in vecs["input_ids"]][0][1:-1]
    pred_tag = [idx2tag[x] for x in idx][1:-1]

2

from transformers import pipeline
text = "サンプルテキスト"
model_name = "daisaku-s/medtxt_ner_roberta"
ner = pipeline("ner", model=model_name)
results = ner(text)
print(results)

実験結果 (Micro-F1)

5分割グループ交差検証による内挿評価の結果になります。訓練データの20%を検証データとして使用し、100エポック学習させた中で検証データにおけるMicro-F1が最も高かった時のエポック時のモデルを用いてテストデータの評価を行いました。なお、検証データにおける最適なエポックの平均値で公開しているモデルは学習しております。

Fold	RoBERTa	Epoch
0	0.701	92
1	0.704	86
2	0.728	98
3	0.715	75
4	0.732	41
Avg.	0.716	78

参考文献

MedTxt-CR: 症例報告 (Case Reports) コーパス
杉本海人, 壹岐太一, 知田悠生, 金沢輝一, 相澤彰子, JMedRoBERTa: 日本語の医学論文にもとづいた事前学習済み言語モデルの構築と評価, 言語処理学会第29回年次大会, 2023.