Datasets:

bm2-lab
/

CRISPRviva-3B

sequence stringlengths 50 50
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CGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCT
GATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTG
ATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGT
TCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTC
CTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCA
TCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCAC
CTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACT
TTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTC
TGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCG
GTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGG
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AGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCT
GATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTG
ATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGC
TCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCA
CTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCAT
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GTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGC
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CTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTA
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TAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAG
AAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGT
AAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTA
AATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTAT
ATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATA
TCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAA
CTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAAT
TGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATT
GTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTA
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GTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAAT
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GTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTC
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ATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTA
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CTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGG

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Dataset Card for CRISPRviva-3B

Dataset Summary

CRISPRviva-3B is a large transcriptome sequence corpus consisting of over 3.7 billion sequences extracted from the specific transcriptome of 23 cell lines and over 200 segmented genomes of RNA virus.

Supported Tasks

Based on this nucleotide sequence corpus, we are able to establish a foundation model to characterize the manifold of CRISPR guide RNA targeting regions in order to undertake further downstreaming task for universal CRISPR-based RNA virus detection and inhibition. For details, please refer to our paper and Github Repository.