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MoleculeNet_PCBA

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MoleculeNet PCBA

PCBA (PubChem BioAssay) dataset [1], part of MoleculeNet [2] benchmark. It is intended to be used through scikit-fingerprints library.

The task is to predict biological activity against 128 bioassays, generated by high-throughput screening (HTS). All tasks are binary active/non-active.

Note that targets have missing values. Algorithms should be evaluated only on present labels. For training data, you may want to impute them, e.g. with zeros.

Characteristic	Description
Tasks	128
Task type	multitask classification
Total samples	437929
Recommended split	scaffold
Recommended metric	AUPRC, AUROC

References

[1] Ramsundar, Bharath, et al. "Massively multitask networks for drug discovery" arXiv:1502.02072 (2015) https://arxiv.org/abs/1502.02072

[2] Wu, Zhenqin, et al. "MoleculeNet: a benchmark for molecular machine learning." Chemical Science 9.2 (2018): 513-530 https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2018/sc/c7sc02664a

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