Datasets:

tyang816
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1nlz_A-Q7BK04	MTEDRLSAEDKKFLEVERALKEAALNPLRHATEELFGDFLKMENITEICYNGNKVVWVLKNNGEWQPFDVRDRKAFSLSRLMHFARCCASFKKKTIDNYENPILSSNLANGERVQIVLSPVTVNDETISISIRIPSKTTYPHSFFEEQGFYNLLDNKEQAISAIKDGIAIGKNVIVCGGTGSGKTTYIKSIMEFIPKEERIISIEDTEEIVFKHHKNYTQLFFGGNITSADCLKSCLRMRPDRIILGELRSSEAYDFYNVLCSGHKGTLTTLHAGSSEEAFIRLANMSSSNSAARNIKFESLIEGFKDLIDMIVHINHHKQCDEFYIKHR	DPPVPDDPVRVVVVVVVVVVLVVLQPLLVVLCCLPCVVVVPDPQWFKWKDWQPQWIWTAGVVRDIDIDHRPVRPCPALVSVVSNVQSQQVSVVHDDDAPPHQWDWGAHPVFWTKIKGAPPVHVDNSTIIMMTGDADPDADALVVCVVVCQAVQPPCSVVLVVCLLVCLCVFAFEEEEEDPPLCSLNNVLRSNVSHDLPFAEEEEEQGPRRDDPRRPRYYYDHDDDPRDSLNVLVVVVVVDGQEYEYEEDDAQCLLVVLVCLVVVRGNYYYYYYDPAPLRVLLVSLVRNCVDPVCVPPDSVNSSVSCLVRHAWYFYGYPVSHGNDIDGRDD	LLGGGSLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTSTTEEEEEEESSSEEEEEETTSLEEEEELTTLGGGSHHHHHHHHHHHHHHTTLLLLSSSLLEEEEELTTSLEEEEEETTTSSSTTLEEEEEELLLLLLLLHHHHHHTTTTTTLTTHHHHHHHHHHHHHTTLLEEEEESTTSSHHHHHHHHGGGSLTTSLEEEEESSSLLLLTTLTTEEEEELBTTBLHHHHHHHHHHTLLSEEEEEEELSTHHHHHHHHHHTTLLLEEEEELLSSHHHHHHHHHHHHHTSGGGTTSLHHHHHHHHHHHLLEEEEELTTSLEEEEEELLL	534,646,657,864,1025,1294
5cab_A-Q9U1E1	MSSERTFIAVKPDGVQRGLVGEIIARFERKGYKLVALKILQPTTEQAQGHYKDLCSKPFFPALVKYFSSGPIVCMVWEGKNVVKSGRVLLGATNPADSQPGTIRGDFAVDVGRNVCHGSDSVESAEREIAFWFKADEIASWTSHSV	DDKAKKKKKFAFLLVVVPCVVVLVVLCVVVVKDWFFKDKDQDDLVLLCVLVVVCVPPPCSVVLSCRRNVHMMMMTMIIDPVCQVVVDLLQADLALVRGDPNRQQVVDADGSNRSRMDMANDSVSRVVNCVSPDDPVRTHDPPPPVD	LLLEEEEEEELHHHHHTTLHHHHHHHHHHTTLEEEEEEEELLLHHHHHHHTGGGTTSTTHHHHHHHHTSSLEEEEEEEETTHHHHHHHHHLLSSGGGSLTTSHHHHHLLSSSLLSEEELSSHHHHHHHHHHHLLGGGSLLLLLLLL	0,9,38,51,139,160,175,184,204,205,234,240,278,308,309,345,348,390,391,409,416,426,488,545,546,549,645,767,771,797,816,819,934,955,956,977,1024,1141,1247,1284,1285,1303,1308,1338,1458,1481,1506,1528,1529,1570,1572,1602,1607,1647,1677,1678,1687,1710,1747,1770,1784,1792,1797,1860,1872
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4akk_A-Q48468	MNNMAGNTPEVVDWFARARRLQKQQLHQLAQQGTLAGQISALVHMLQCERGASNIWLCSGGRLYAAECRAGAALVDEQLTRFYAALEPARDAASSALCWRIACAVWYLPQLAALRKRVRDREIAAEEATGQFSRIIRHLLNIVPQLNDSIDDPQIAGRMVALYSFMQGKELAGQERALGALGFARGQFSDELRQQLVDRIDGQQPCFDSFQALAQPPQTALFAEQCQASLEIEQLRRVACTRQPPADEGETALRWFCAQTQRLEQLRGVEELLIVDLLNAADALLEGEEPEAQLPPADWQEDSIALRLDKQLLPLVRQQAHELQQLSGQLASLKDALEERKLIEKAKSVLMTYQGMQEEQAWQALRKMAMDKNQRMVEIARALLTVKALWRVTPKE	DPPPVPCDPVVVVVVVVVVVVVLVLLVLLLLLLQLLVLLLQLLLLLLQLLLLLLLCLLLVNPPSPVSNVVSVVSNVVSVVVNVVSVPVNVVVADPVLVVLVVVLVVLPVCVVVLSVCSNVSVDHSVVSNVSSLVSSVSSLVNQLRSLVSDPDPLLSLLSLLLSLLSLLLVLLSSLLSLLLNQQSVLHDDPVSLVSNVCSVVVNPVSVVSNCVRDDPVLNVLCVVQQPQDPLLVVSNCCSNPHGHDPDNRPSSVVSNVSSSSNSVSSVVSSVVSSVVSSVVSVCVSVVPPPPPPVPDPPPPPPPVVVVCVVPVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVVLVVLLVVLLVVCCVPVVDDSVRSVVVLVVVCVVVVHDSSVSSVVSVVVVVVVVPDDDD	LLLLLSLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTTSSLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTLLHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHHHHHHTTLSLHHHHHHHHHHHHHHHHTTHHHHHTTLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSLHHHHHHHHHHLSLLHHHHHHHHHHHHSLLLLSTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTLLLLLLLLTTLLTTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLHHHHHHHHHHHHHHHTLLHHHHHHHHHHHHHHHTTSLLL	47,50,61,68,108,116,193,214,322,346,543,546,584,661,715,767,809,817,988,1167,1208,1244,1367,1442,1485,1516,1668,1713,1775
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2zfh_A-O60888	MSGGRAPAVLLGGVASLLLSFVWMPALLPVASRLLLLPRVLLTMASGSPPTQPSPASDSGSGYVPGSVSAAFVTCPNEKVAKEIARAVVEKRLAACVNLIPQITSIYEWKGKIEEDSEVLMMIKTQSSLVPALTDFVRSVHPYEVAEVIALPVEQGNFPYLQWVRQVTESVSDSITVLP	DDDDDDDDDDDDDPDDPPPPPDDDPPPPPPPDPPPDPPPPVPPPPPPPPPPPPPPPCPVVQPDDFQQKKWKKWKAQDDVLVVVLQVVCLVLLLFLHKDKDFQDWDWDDDPNDIDIGGIIMITTMATPVSLVVSVVSCCVSGPDVDIDMDIDGGRDDDRVVNVSRCVSNVVNVVVVPDDD	LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLTTSLLLTTSEEEEEEEESSHHHHHHHHHHHHHTTSLSEEEEEEEEEEEEEETTEEEEEEEEEEEEEEEGGGHHHHHHHHHHHLSSSSLLEEEEELLSLLHHHHHHHHHHHGGGHHHHTLLL	210,525,936
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GO-BP Dataset with ESMFold Structural Sequence

Description: Biological Process of Gene Ontology (GO) project.
Number of labels: 1943
Problem Type: multi_label_classification
Columns:
- aa_seq: protein amino acid sequence
- foldseek_seq: foldseek 20 3di structural sequence
- ss8_seq: DSSP 8 secondary structure sequence

Github

Simple, Efficient and Scalable Structure-aware Adapter Boosts Protein Language Models

https://github.com/tyang816/SES-Adapter

Citation

Please cite our work if you use our dataset.

@article{tan2024ses-adapter,
  title={Simple, Efficient, and Scalable Structure-Aware Adapter Boosts Protein Language Models},
  author={Tan, Yang and Li, Mingchen and Zhou, Bingxin and Zhong, Bozitao and Zheng, Lirong and Tan, Pan and Zhou, Ziyi and Yu, Huiqun and Fan, Guisheng and Hong, Liang},
  journal={Journal of Chemical Information and Modeling},
  year={2024},
  publisher={ACS Publications}
}

Downloads last month: 29

Edit dataset card

Size of downloaded dataset files:

25.1 MB

Size of the auto-converted Parquet files:

17.6 MB

Number of rows:

26,631

Collection including tyang816/GO_BP_ESMFold

Protein-wise Anotation

Collection

8 items • Updated Sep 21